确认员工与用人单位的事实劳动关系不受时效限制，这一结论主要基于以下法律依据和法理分析：

1. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定：

   • 第二十七条明确规定了劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，但这一条款在列举适用时效的具体情形时，并未将“确认劳动关系的争议”纳入其中。这意味着，从法律条文本身来看，确认劳动关系的争议并不受一年仲裁时效的限制。
   • 进一步地，该条款还规定了时效中断和中止的情形，如当事人一方向对方当事人主张权利、向有关部门请求权利救济或对方当事人同意履行义务等，这些情形会导致仲裁时效的中断或中止。然而，这些规定同样未将确认劳动关系的争议排除在外，但实际操作中，确认劳动关系的争议因其特殊性，往往不直接适用这些时效规定。

2. 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》的进一步明确：

   • 第一条明确规定了劳动者与用人单位之间就确认劳动关系发生的争议属于劳动争议范畴，且未对确认劳动关系设置时效限制。这一司法解释为确认劳动关系不受时效限制提供了更为直接和明确的法律依据。

3. 法理分析：

   • 确认劳动关系是基础性权利：确认劳动关系是解决其他劳动争议的前提和基础。例如，劳动者要求支付工资、加班费、经济补偿金等权益，都需要先确定双方存在劳动关系。如果确认劳动关系受到时效限制，可能会导致劳动者因错过时效而无法维护自己的合法权益，这显然是不公平的。
   • 保护劳动者的弱势地位：在劳动关系中，劳动者通常处于相对弱势的地位，可能由于各种原因未能及时主张确认劳动关系。如果不给予其充分的法律保护，可能会使劳动者陷入更加不利的境地。因此，不设置时效限制有助于平衡双方的利益，保障劳动者的基本权益。

4. 实践案例的佐证：

   • 在实际司法实践中，存在大量确认劳动关系不受时效限制的案例。例如，某员工在公司工作多年，公司一直未与其签订劳动合同。后来，公司因经营不善倒闭，员工为了追讨欠薪和经济补偿金，向劳动仲裁机构申请确认与公司存在劳动关系。尽管距离员工入职已经过去了较长时间，但由于确认劳动关系不受时效限制，劳动仲裁机构最终支持了员工的请求，为其后续维权奠定了基础。

法律建议：

• 对于劳动者而言，如果仅需要确认与用人单位之间的劳动关系，无需担心一年仲裁时效的限制。但为了保障自身权益，建议劳动者在发现可能存在劳动关系争议时，及时收集相关证据，如工作证、工资条、考勤记录等，以便在需要时能够证明双方存在劳动关系。
• 如果劳动者基于劳动关系去主张其他具体权利（如工资拖欠、加班费等），则必须严格遵守一年的仲裁时效规定。在这种情况下，劳动者应及时向劳动仲裁机构或法院提出申请，以免错过维权时机。

总结：确认员工与用人单位的事实劳动关系不受时效限制，这一结论有明确的法律依据和法理支持。劳动者在遇到相关争议时，应了解自己的权利和义务，及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。