在1998年集体建设用地使用证与2017年农村土地承包经营权证发生纠纷时，不能简单判定哪个“本子”绝对有效，需结合具体事实和法律关系综合判断，但可明确以下核心原则：

1. 法律性质与效力层级不同，需区分权利类型

   • 集体建设用地使用证：属于物权凭证，确认集体经济组织对建设用地的所有权或使用权（如宅基地、集体经营性建设用地等），依据《土地管理法》《民法典》物权编，具有对世效力。
     
   • 农村土地承包经营权证：确认农户对集体所有农用地（如耕地、林地、草地）的承包经营权，依据《农村土地承包法》，属于用益物权，效力范围限于承包合同约定的农用地。
     关键点：若纠纷涉及土地性质冲突（如将承包地违规转为建设用地），承包经营权证可能因违法而无效；若建设用地合法，则两证效力互不冲突，但权利范围需严格区分。

2. 时间效力与权利变动是核心判断因素

   • “新证优于旧证”原则不绝对适用：若1998年建设用地使用证合法取得且未被撤销，其效力持续存在；2017年承包经营权证若覆盖同一地块，需审查是否存在“地类重叠”（如将原建设用地错误发包为耕地）。
     
   • 权利变动合法性是关键：例如，若集体将原建设用地复垦为耕地后重新发包，需经法定程序（如土地利用总体规划调整、承包方案村民会议表决等），此时承包经营权证合法有效；若未履行程序，可能构成侵权。

3. 实务中需重点审查以下证据与程序

   • 土地权属来源文件：建设用地使用证需核对《建设用地批准书》《规划许可证》等；承包经营权证需核对承包合同、村民会议决议、公示记录等。
     
   • 土地现状与规划符合性：通过自然资源部门档案、卫星影像图等确认土地实际用途与证载用途是否一致。
     
   • 权利冲突解决机制：根据《土地管理法》第14条，土地所有权和使用权争议由政府处理；承包经营权纠纷可申请仲裁或起诉，但需以权属清晰为前提。

建议行动步骤：

1. 携带两证原件及土地相关文件（如承包合同、建设审批文件），向当地自然资源部门申请土地权属核查；
   
2. 若涉及侵权（如一方占用另一方土地），可固定证据（如现场照片、证人证言）后提起民事诉讼；
   
3. 若对政府发证行为有异议，可在知道具体行政行为之日起6个月内提起行政诉讼。
   

提示：土地纠纷往往涉及历史政策与现行法律交叉，具体案件需结合地方性法规（如各省《土地管理条例》）细化分析。如有进一步材料或疑问，可直接向我提供细节，我会为您梳理法律风险点。