在土地发生纠纷时，确权证和98年承包合同都可能作为重要依据，但具体以哪个为准需视情况而定。以下是对这一问题的详细分析：

一、确权证的法律效力

确权证，即土地权属证书，是土地权利人依法享有土地权利的法定凭证。它明确了土地的所有权、使用权等权属关系，是处理土地权属纠纷的重要依据。在土地纠纷中，如果一方持有有效的确权证，且该证书未被依法撤销或变更，那么该证书通常具有较高的法律效力，可以作为确定土地权属的主要依据。

二、98年承包合同的历史背景与法律效力

98年承包合同，通常指的是农村土地承包经营权合同，这是在我国农村土地制度改革过程中形成的重要法律文件。它明确了承包方与发包方之间的权利义务关系，包括承包土地的面积、位置、用途、承包期限等。在土地纠纷中，如果纠纷涉及的是承包经营权的问题，且98年承包合同是双方真实意思的表示，且未违反法律法规的强制性规定，那么该合同同样具有法律效力，可以作为处理纠纷的依据。

三、确权证与98年承包合同的适用情况

1. 确权证与承包合同内容一致：

   • 如果确权证与98年承包合同在土地权属、承包期限、承包面积等关键内容上一致，那么两者都可以作为处理土地纠纷的依据，且通常不会产生冲突。

2. 确权证与承包合同内容不一致：

   • 如果确权证与98年承包合同在关键内容上存在不一致，那么需要进一步分析具体情况。
   • 如果确权证是后来颁发的，且经过了合法的程序，那么它可能反映了土地权属的最新状态，此时应以确权证为准。
   • 如果98年承包合同是双方真实意思的表示，且未违反法律法规的强制性规定，但确权证存在错误或遗漏，那么可能需要通过法律程序来纠正确权证的错误，或者确认承包合同的效力。

3. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如土地权属存在历史遗留问题、承包合同存在瑕疵或争议等，可能需要结合确权证、承包合同以及其他相关证据来综合判断土地权属。
   • 此外，如果土地纠纷涉及的是土地征收、补偿等问题，那么还需要考虑相关法律法规和政策的规定。

四、法律建议

1. 收集证据：

   • 在处理土地纠纷时，首先应收集确权证、承包合同以及其他相关证据，如土地使用证明、缴费凭证等。

2. 咨询专业律师：

   • 由于土地纠纷涉及的法律问题较为复杂，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。

3. 通过法律程序解决：

   • 如果双方无法协商解决纠纷，可以通过法律程序如诉讼、仲裁等方式来解决。

在处理土地纠纷时，应综合考虑确权证和98年承包合同的法律效力以及具体情况，必要时咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如果你有具体的土地纠纷问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。