核心结论：确权后未发放土地承包经营权证引发的土地纠纷，可通过协商、行政投诉、行政复议、行政诉讼或民事诉讼等途径解决，具体选择需结合纠纷性质和证据情况。以下是具体分析：

一、纠纷性质与处理原则

1. 行政程序瑕疵型纠纷
   若确权行为已通过行政程序完成（如乡镇政府或农业农村部门已作出确权决定），但未发放证书，属于行政程序履行瑕疵。此时应优先通过行政途径督促发证机关履行职责，而非直接否定确权效力。

2. 实体权利争议型纠纷
   若纠纷核心是土地承包权归属争议（如家庭内部成员对承包地分配有异议、村集体与其他主体对地块权属存在争议），需先通过行政确权程序明确权利归属，再解决证书发放问题。

二、具体处理路径

（一）行政途径

1. 申请督促发证

   • 依据：《农村土地承包经营权证管理办法》第15条规定，县级以上地方人民政府农业行政主管部门负责农村土地承包经营权证的备案、登记、发放等工作。
     
   • 操作：向乡镇政府或县级农业农村部门提交书面申请，要求限期发放证书，并附确权决定文件、土地承包合同等证据。
     
   • 注意：若确权决定已作出但未送达，可要求行政机关出具书面说明；若因系统录入、制证延迟等客观原因未发证，可要求明确发证时间。

2. 行政复议

   • 适用情形：行政机关明确拒绝发证或逾期未答复。
     
   • 程序：自知道拒发行为之日起60日内，向县级政府或上一级农业农村部门申请复议，要求撤销拒发决定并责令发证。
     
   • 证据：需提交确权决定、申请发证记录、行政机关答复（如有）等材料。

3. 行政诉讼

   • 适用情形：复议未果或行政机关未履行复议决定。
     
   • 程序：自知道行政行为之日起6个月内，向基层法院提起行政诉讼，案由为“不履行法定职责”。
     
   • 关键点：需证明行政机关具有发证法定职责且未履行，例如引用《农村土地承包经营权证管理办法》第15条。

（二）民事途径

1. 确认承包合同效力之诉

   • 适用情形：若纠纷源于承包合同效力争议（如合同未签字、内容违法），可单独起诉确认合同效力，再依据有效合同申请发证。
     
   • 注意：合同效力与确权决定可能存在冲突，需优先通过行政程序解决确权问题。

2. 侵权赔偿之诉

   • 适用情形：因未发证导致土地被侵占、无法使用等损失，可起诉侵权方赔偿。
     
   • 关键点：需证明损失与未发证存在因果关系，例如因无证书无法阻止他人耕种。

三、实务建议

1. 证据固定

   • 收集确权决定文件、承包合同、土地现状照片、沟通记录等，证明权利归属及行政机关不作为。
     
   • 若涉及村集体分配，需调取村民会议记录、分配方案等内部文件。

2. 分层维权

   • 优先通过行政投诉、复议解决，成本低且效率高；若行政途径受阻，再启动诉讼程序。
     
   • 若纠纷涉及多方主体（如家庭成员、村集体、第三方），可同步申请调解或仲裁，降低对抗性。

3. 时效注意

   • 行政复议期限为60日，行政诉讼期限为6个月，民事诉讼时效为3年，需及时主张权利。

总结：未发证纠纷需先区分是程序瑕疵还是实体争议，再选择行政或民事途径。建议优先通过行政投诉、复议督促发证，若涉及权利归属争议，需先完成确权程序。具体操作中需注重证据收集和时效管理，必要时可委托律师协助处理复杂程序。