土地确权证纠纷是土地权益争议中的常见问题，需要遵循一定的程序和法律途径来解决。以下是一些建议，希望能帮助您妥善处理土地确权证纠纷：

一、优先协商解决

当发现土地确权证存在纠纷时，首先建议双方当事人通过友好协商的方式解决。双方应坐下来，心平气和地就争议事项交换意见，明确各自的诉求和立场，通过摆事实、讲道理，寻求双方都能接受的解决方案。协商一致后，应签订书面协议，以明确土地权属，防止后续再产生纠纷。这种方式成本低、效率高，且能维护当事人之间的和谐关系。

二、申请行政调解

如果协商无果，您可以向当地村民委员会、居民委员会或乡（镇）政府、街道办事处申请调解。这些组织对当地情况较为熟悉，且具有一定威望，能够依据相关法律法规、村规民约进行调解。调解过程中，调解机构会听取双方意见，解释法律法规和政策，引导双方理性看待纠纷，寻求合理的解决方案。达成和解后，土地管理部门将协助双方签订和解协议，明确权利和义务。

三、申请行政裁决

若调解仍未达成协议，当事人可以向县级以上人民政府申请行政裁决。政府将依据调查结果和相关法律法规作出裁决，该裁决具有法律效力。对于单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；对于个人之间、个人与单位之间的争议，可由乡级或县级以上人民政府处理。

四、行政复议或行政诉讼

如果您对行政裁决不服，可以在规定期限内（一般为60日内）向作出处理决定的上一级行政机关申请行政复议，或者在规定期限内（一般为6个月内）向有管辖权的人民法院提起行政诉讼。复议机关将对原处理决定的合法性、合理性进行审查，并作出复议决定。若提起行政诉讼，法院将对案件进行审理，并依据法律和事实作出最终判决。

五、申请仲裁（可选方式）

如果在纠纷发生前或发生后双方有仲裁协议，当事人也可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁机构将依据双方提交的证据和法律规定进行裁决，仲裁裁决具有法律效力，双方应按照裁决结果履行各自的义务。这种方式适用于希望快速、保密解决纠纷的当事人。

注意事项

在整个纠纷处理过程中，有几点需要特别注意：

1. 证据的收集和保存：当事人应妥善保管与纠纷相关的证据材料，如土地承包合同、土地权属证书、历史使用记录、证人证言等，以便在纠纷解决过程中支持自己的主张。
2. 保持冷静和理性：纠纷解决需要时间和耐心，当事人应保持冷静和理性，尊重法律和对方的合法权益。
3. 寻求专业法律帮助：若纠纷较为复杂或难以解决，建议咨询专业律师以获取更准确的法律建议和帮助。

综上所述，处理土地确权证纠纷需要遵循一定的程序和法律途径。通过协商、调解、裁决、复议或诉讼等方式，您可以有效地解决纠纷并维护自己的合法权益。