员工在停工调查期间，工资支付需根据具体情况分情况处理，具体如下：

1. 若员工过错较轻，且调查期间较短
   根据《工资支付暂行规定》第十二条，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。若调查属于用人单位内部管理行为（如核实工作失误、违规操作等），且未超过一个工资支付周期（通常为1个月），用人单位应按劳动合同约定全额支付工资。

2. 若员工过错严重，或调查期间较长
   若调查涉及员工严重违纪（如盗窃、贪污、严重失职等），且用人单位已掌握初步证据，可依据《劳动合同法》第三十九条与员工解除劳动合同。在解除前，若调查时间超过一个工资支付周期，用人单位可与员工协商调整工资标准（如按当地最低工资的80%支付生活费），但需满足以下条件：

   • 用人单位已制定合法有效的规章制度，明确“停工调查期间工资支付规则”；
     
   • 规章制度已通过民主程序制定并公示；
     
   • 调整工资标准未低于当地最低工资标准。
     

3. 若调查结果未认定员工过错
   若调查后证明员工无过错，用人单位需补发调查期间的工资差额（如之前按最低工资支付，需补足至合同约定标准），并可能需支付因工资扣减导致的经济损失赔偿（如员工以工资不足为由主张解除合同的经济补偿）。

实务建议：

• 用人单位应在规章制度中明确“停工调查”的适用情形、程序及工资支付规则，避免随意停工；
  
• 调查期间应尽量缩短，避免长期停工引发劳动争议；
  
• 若需调整工资，应与员工书面协商一致，并保留证据。
  

如有具体案件细节（如员工过错类型、调查时长、规章制度内容等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供更精准的分析。