关于劳动合同工在停职检查期间的工资发放问题，这确实是一个涉及劳动者权益的重要事项，需要依据相关法律法规和公司内部规定来综合确定。以下是我为您提供的详细解答：
一、停职检查的原因与工资发放原则
停职检查可能由多种原因引起，包括但不限于劳动者个人原因（如涉嫌违法违纪、不胜任工作等）和公司原因（如经营调整、停工停产等）。工资发放的原则主要依据这些原因以及相关法律法规和公司内部规定。
二、因劳动者个人原因停职的工资发放
因涉嫌违法违纪被停职：
- 若劳动者因自身过错（如涉嫌违法违纪）被停职检查，公司通常会按照劳动合同的约定支付工资。但若劳动者的行为给公司造成了损失，公司有权要求其赔偿，赔偿额可以从工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过工资的20%，且扣除后剩余的工资不得低于当地的最低工资标准。
因不胜任工作被停职培训：
- 若劳动者因不胜任工作而被安排停职培训，公司应按照正常出勤的标准支付工资。这是因为停职培训是为了提升劳动者的能力而采取的措施，并非劳动者的主观过错。
三、因公司原因停职的工资发放
若停职检查是由于公司原因（如经营调整、停工停产等）导致的，那么工资发放应遵循以下原则：
在一个工资支付周期内：
- 公司应按照劳动合同规定的标准支付劳动者工资。这里的“工资支付周期”通常指的是从工资支付的起始日到截止日的一个完整周期，如每月1日至月底。
超过一个工资支付周期：
- 若劳动者提供了正常劳动，公司支付的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准。
- 若劳动者未提供正常劳动，公司应按照国家有关规定办理，通常是不低于当地最低工资标准的一定比例（如70%或80%，具体比例依据地方政策确定）支付生活费。
四、公司内部规定与劳动合同的作用
- 公司内部规定：如果公司有明确的关于停职期间工资待遇的内部规定，且这些规定不违反国家的强制性法律规定，那么应按照这些规定执行。
- 劳动合同：如果内部规定不明确或没有相关规定，应参考劳动合同中的相关条款来执行。劳动合同中通常会明确约定员工的工资待遇、支付方式及时间等内容。
- 法律法规：如果内部规定和劳动合同中均无明确规定，那么应依据《中华人民共和国劳动法》、《工资支付暂行规定》等相关法律法规来处理，确保按时足额支付劳动者工资，不得无故拖欠或扣减。
五、建议与注意事项
- 咨询专业法律意见：公司在处理停职检查人员工资问题时，建议咨询专业的法律顾问或劳动法律师，以确保处理方式的合法性和合规性。
- 明确约定：在与员工签订劳动合同时，公司应就停职期间工资待遇等相关问题进行明确约定，以避免后续可能出现的纠纷和风险。
- 保持沟通：在停职检查期间，公司应与劳动者保持沟通，明确工资支付方式和标准，减少潜在的争议和风险。
综上所述，劳动合同工在停职检查期间的工资发放需要综合考虑多种因素，包括停职原因、公司内部规定、劳动合同以及相关法律法规等。公司应确保处理方式的合法性和合理性，以维护劳动者的合法权益和公司的良好形象。