公司代管人员超过6个月，需根据具体代管性质、双方约定及法律规定来处理，常见处理方式如下：

1. 审查代管协议或公司章程
   首先需确认代管行为的法律依据。若公司通过书面协议（如《委托代管协议》）明确约定了代管期限、权限及终止条件，则双方应严格按协议执行。若代管期限已超6个月且未续签或未约定自动延续条款，代管方可能构成违约，公司有权要求其返还管理权或承担违约责任。
   法律依据：根据《民法典》第933条，委托合同终止后，受托人应返还委托事务成果及相关资料；若未约定期限，任何一方可随时解除合同，但需在合理期限前通知对方。

2. 区分“代管”与“实际控制”的法律性质

   • 若代管人员实际行使公司决策权（如签署合同、任免高管等），可能被认定为“实际控制人”。根据《公司法》第216条，实际控制人需遵守忠实义务，若因超期代管损害公司利益（如挪用资金、关联交易），股东可依据《公司法》第151条提起股东代表诉讼，要求赔偿。
     
   • 若代管仅涉及日常经营（如财务保管、印章管理），则需审查是否超出授权范围。超期代管且越权行为的，公司可依据《民法典》第171条主张行为无效，并追究代管人员赔偿责任。

3. 公司内部治理程序的处理

   • 股东会/董事会决议：若代管系公司内部决策（如大股东委派代管），需通过股东会或董事会决议终止代管关系。若代管人员拒不配合，公司可依据《公司法》第43条（有限责任公司）或第111条（股份有限公司）召开临时会议，形成有效决议后强制交接。
     
   • 监事会监督：监事会可依据《公司法》第53条对代管人员的行为进行监督，若发现超期代管或违规操作，可要求其纠正；拒不改正的，可提议召开股东会罢免相关人员。

4. 行政与刑事风险防范

   • 行政责任：若代管人员利用职务便利侵占公司财产，可能违反《公司登记管理条例》第68条，面临工商部门处罚（如罚款、吊销营业执照）。
     
   • 刑事责任：若代管行为涉嫌职务侵占（刑法第271条）、挪用资金（刑法第272条）或背信损害上市公司利益（刑法第169条之一），公司可向公安机关报案，追究刑事责任。

建议行动步骤：

1. 立即审查代管协议或公司决议，明确代管期限及权限；
   
2. 召开股东会/董事会形成终止代管的决议，并书面通知代管人员；
   
3. 委托律师对代管期间的财务、合同进行审计，固定证据；
   
4. 若代管人员拒不交接，可向法院申请行为保全或提起诉讼，要求返还管理权并赔偿损失。
   

如有进一步细节（如代管人员身份、具体损害事实等），可向我补充说明，以便提供更精准的方案。