工资扣款手续一般由用人单位的财务部门或人力资源部门出具，具体取决于公司内部的管理架构和分工。以下从不同角度为你详细分析：

1. 财务部门主导的情况
   在多数企业中，财务部门负责工资核算与发放，因此工资扣款手续（如扣款通知单、工资条等）通常由财务部门出具。财务部门会根据劳动合同、公司规章制度或法院判决等依据，计算应扣款项（如缺勤、违纪罚款、社保个人部分等），并在工资发放时附上扣款明细。若员工对扣款有异议，财务部门需配合提供计算依据和凭证。

2. 人力资源部门参与的情况
   若扣款涉及员工考勤、绩效或违纪处罚（如迟到罚款、绩效未达标扣款），人力资源部门可能先根据制度作出扣款决定，再由财务部门执行。此时，人力资源部门需出具书面扣款通知，明确扣款原因、金额及依据，并交员工签字确认（若公司制度允许）。财务部门则根据通知进行实际扣款操作。

3. 特殊情形下的部门分工

   • 法院强制执行：若因员工负债被法院强制执行工资，扣款手续由法院出具《执行裁定书》及《协助执行通知书》，用人单位财务部门需配合执行，无需自行出具扣款手续。
     
   • 税务或社保部门扣款：如因欠缴个税或社保，税务或社保部门会直接通知用人单位扣款，财务部门需按通知执行并留存凭证。
     

温馨提示：

• 无论由哪个部门出具扣款手续，用人单位均需确保扣款合法（如符合劳动合同、规章制度或法律规定）、合理（如扣款比例不超过法定限额），并保留书面证据（如扣款通知、员工签字确认单等），避免劳动纠纷。
  
• 若你对扣款的合法性或程序有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体情形为你分析风险并提供应对建议。