当员工工资被老板扣了，可以通过以下几个部门来解决问题：

1. 劳动监察部门：

   • 劳动监察大队是负责监督用人单位工资支付情况的部门。员工可以带上能证明劳动关系和工资数额的材料，如本人身份证件、劳动合同、工资条等，前往当地劳动监察大队进行投诉。
   • 一旦查证确实存在克扣工资的情况，劳动监察部门会责令单位在规定期限内支付工资。

2. 劳动争议仲裁委员会：

   • 如果员工与公司就工资扣除问题无法协商解决，或者对劳动监察部门的处理结果不满意，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 申请仲裁时，需要提交仲裁申请书、相关证据等材料。仲裁委员会受理后，会依据法律规定进行审理，并作出裁决。
   • 若劳动者对仲裁结果不满意（终局裁决除外），可在收到仲裁裁决书之日起十五日内，向人民法院提起诉讼。

3. 法院：

   • 根据《劳动合同法》，劳动者还可以向法院申请支付令。法院会对申请进行审查，若用人单位对支付工资无异议，法院就会发出支付令，要求其支付工资。
   • 若持有工资欠条且不涉及其他争议，也能直接向法院起诉。

4. 工会：

   • 工会作为劳动者权益的维护组织，有权要求用人单位纠正克扣工资等违法行为，保障劳动者的合法权益。员工也可以向工会求助，请求其介入调解或提供法律援助。

建议员工在遭遇工资被扣的情况时，首先尝试与老板进行沟通协商。如果协商无果，应及时通过上述合法途径来维护自身的合法权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。