当员工工资被扣时，可以直接向当地的劳动行政部门（通常是劳动监察大队）投诉，这是处理此类问题的有效途径之一。以下是对该问题的全面解答：
一、投诉渠道
劳动行政部门（劳动监察大队）：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第九条，用人单位拖欠或未足额支付劳动报酬时，劳动者有权向劳动行政部门投诉。
- 劳动监察大队在接到投诉后，会依法处理，对拒发工资的用人单位发出《责令改正通知书》，要求其限期支付工资。
劳动争议仲裁委员会：
- 若与用人单位协商无果，或劳动监察部门的处理未能满足诉求，劳动者可以根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 申请仲裁时，需提交相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以证明劳动关系及工资被扣的事实。
人民法院：
- 若对劳动争议仲裁委员会的仲裁裁决不服，劳动者可以在仲裁裁决之日起十五日内，依据《中华人民共和国劳动法》第七十九条，向人民法院提起诉讼。
- 提起诉讼时，同样需要提供充分的证据来支持自己的诉求。
二、处理流程与建议
首先尝试协商：
- 在采取法律手段之前，建议劳动者先与用人单位进行协商，了解扣款的具体原因，并要求给出合理的解释或纠正错误。
收集并保留证据：
- 在整个维权过程中，劳动者应收集和保留所有与劳动关系及工资被扣事实相关的证据，以便在投诉、仲裁或诉讼时使用。
及时投诉或申请仲裁：
- 若协商无果，劳动者应及时向劳动行政部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
考虑提起诉讼：
- 若对仲裁结果不满意，劳动者可以在规定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法途径解决争议。
三、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条、第五条、第九条：分别规定了劳动争议的适用范围、仲裁程序及投诉权利。
- 《劳动保障监察条例》第二十六条：用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付，并可能加付赔偿金。
综上所述，当员工工资被扣时，应首先尝试与用人单位协商；协商无果后，可以向劳动行政部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。在整个过程中，务必保留好相关证据，并遵循法律程序进行维权。