结论：公司以经营困难为由扣除绩效工资是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同及公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了绩效工资的发放条件和标准，且未提及公司经营困难时可扣除绩效工资，那么公司单方面扣除绩效工资可能构成违约。
- 反之，如果劳动合同中有相关约定，允许公司在特定情况下（如经营困难）调整或扣除绩效工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司的行为可能合法。
公司规章制度：
- 公司规章制度中如果明确规定了绩效工资的扣除条件和程序，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，员工也已知悉并同意，那么公司按照规章制度扣除绩效工资可能是合法的。
- 但如果规章制度未经民主程序制定、未公示或员工不知悉，或者规章制度中的规定违反法律法规的强制性规定，那么公司依据该规章制度扣除绩效工资可能违法。
二、法律法规的角度
《劳动法》及《劳动合同法》的相关规定：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。绩效工资作为劳动报酬的一部分，原则上应当按时足额支付。
- 如果公司未经与劳动者协商一致，单方面扣除绩效工资，可能违反了上述法律法规的规定。
特殊情况下的工资支付：
- 在某些特殊情况下，如公司确实面临严重经营困难，且已经与工会或劳动者代表协商一致，可以暂时延期支付工资或部分支付工资。但这种情况需要符合法律法规的具体规定，且应当确保劳动者的基本生活不受影响。
- 如果公司未经协商一致，仅以经营困难为由扣除绩效工资，且未确保劳动者的基本生活，那么这种行为可能违法。
三、实际操作建议
与公司协商：
- 如果公司提出扣除绩效工资，员工可以首先与公司进行协商，了解扣除的具体原因、金额和期限等，并尝试达成一致意见。
查阅劳动合同和规章制度：
- 员工应仔细查阅自己的劳动合同和公司的规章制度，了解其中关于绩效工资的规定，以判断公司的行为是否合法。
寻求法律援助：
- 如果员工认为公司的行为违法，且协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结与启示：公司以经营困难为由扣除绩效工资是否违法，需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规进行综合判断。员工在面对这种情况时，应保持冷静，仔细查阅相关合同和制度，与公司进行协商，并在必要时寻求法律援助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的解答。