公司以经营困难为由扣发50%绩效工资，这一行为是否违法，需结合具体情况判断，但通常情况下，若无合法依据，该行为可能构成违法。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同与规章制度的角度

• 劳动合同约定：首先，需查看劳动合同中是否明确约定了绩效工资的发放条件、标准及扣减情形。若合同中明确规定了绩效工资的发放不受公司经营状况影响，或未规定公司可在经营困难时扣发绩效工资，则公司扣发行为可能违反合同约定，构成违约。
• 规章制度合法性：若公司通过规章制度规定了扣发绩效工资的情形，需审查该规章制度是否经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），是否已向劳动者公示或告知。若规章制度未经过民主程序或未公示，则可能不被认定为有效，公司依据无效规章制度扣发工资，同样构成违法。

2. 法律法规的角度

• 工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。绩效工资作为劳动报酬的一部分，除非有合法依据（如劳动者严重违反规章制度、给公司造成重大损失等），否则用人单位不得随意扣发。
• 经营困难不是扣发工资的合法理由：公司经营困难并不构成扣发劳动者绩效工资的合法理由。若公司确实面临经营困难，应通过与劳动者协商、调整薪酬结构、缩短工作时间等方式共同应对，而非单方面扣发工资。

3. 实践操作与证据收集的角度

• 证据收集：若劳动者认为公司扣发绩效工资违法，应收集相关证据，如劳动合同、工资条、规章制度、公司经营状况证明等，以证明公司扣发行为无合法依据。
• 协商与投诉：劳动者可先与公司协商，要求公司补发扣发的绩效工资。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。

4. 特殊情况下的合法扣发

• 当然，也存在一些特殊情况，公司扣发绩效工资可能是合法的。例如，若劳动者存在严重违反公司规章制度、给公司造成重大损失等行为，公司可根据规章制度或劳动合同约定扣发部分或全部绩效工资。但这种情况需有充分证据支持，且扣发比例应合理。

建议：若您认为公司扣发绩效工资的行为违法，建议先与公司协商解决。若协商无果，可及时收集证据并向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。同时，也建议您在未来的工作中，注意保留与工资发放相关的证据，以备不时之需。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。