结论：农村自来水公司未用水仍收取费用是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若存在合同约定
   根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护。若用户与自来水公司签订的供水合同中明确约定“即使未用水仍需支付基础费用（如管道维护费、表计费等）”，且该条款不违反法律强制性规定（如《消费者权益保护法》第二十六条关于格式条款的公平性要求），则公司收费具有合法性。
   建议：用户可核查合同条款，若条款显失公平（如费用过高、未尽提示义务），可依据《民法典》第四百九十六条主张撤销或变更。

2. 若无合同约定或合同未明确

   • 法律依据：根据《民法典》第六百五十六条，供用水合同参照供用电合同规则，用户未用水时，供水人原则上不得收取费用，但法律另有规定或当事人另有约定的除外。
     
   • 例外情形：若公司能证明费用属于“合理损耗分摊”（如管道漏损、公共设施维护）或“政府定价的固定费用”（如污水处理费），且已通过物价部门核准，则可能合法。
     建议：用户可要求公司出具收费依据（如政府文件、成本核算表），若无法提供，可向当地市场监管部门投诉或通过诉讼主张返还。

3. 行政法规与地方性规定
   部分地区可能出台《农村供水管理办法》等规范性文件，允许收取“最低生活保障费”或“设施维护费”。例如，某省《农村饮水安全工程管理办法》规定，用户长期不用水需支付管道维护费（通常不超过月均水费的30%）。
   建议：用户可查询本地供水条例，或向乡镇政府、水利部门确认收费标准是否合规。

行动建议：

1. 优先与公司协商，要求书面说明收费项目及依据；
   
2. 若协商无果，向12315（市场监管）或12345（政务服务）投诉；
   
3. 涉及金额较大或证据充分时，可向法院提起民事诉讼，主张返还不当得利。
   

提示：法律适用需结合具体证据（如合同、收费凭证、地方政策），若需进一步分析，可提供详细信息后继续向我咨询。