在转账记录标明是订金，但商家开单却是定金的情况下，一般应以转账记录中标注的“订金”为标准。以下从不同角度为你详细分析：
法律定义与性质
订金：订金在法律上通常被视为预付款，不具有担保性质。如果交易未能达成，订金一般应当退还。它更多地是一种支付方式，表明买方有购买意向并支付了一部分款项。
定金：定金则具有担保性质，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，定金合同自实际交付定金时成立。定金的数额由当事人约定，但不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。如果给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。
实际交易中的认定
转账记录优先：在交易过程中，转账记录是双方实际交易行为的直接证据。如果转账记录中明确标注了“订金”，这通常表明双方在交易时对此有明确的约定。因此，在发生纠纷时，转账记录中的标注往往会被视为双方的真实意思表示。
商家开单的效力：商家开单虽然也是交易过程中的一份文件，但其效力通常低于转账记录。因为转账记录是实际支付行为的直接证据，而商家开单可能只是商家单方面的记录或确认。如果商家开单与转账记录不一致，且没有其他证据支持商家开单的内容，那么商家开单中的“定金”标注可能不会被法院采纳。
可能的法律后果
如果认定为订金：如果法院最终认定该款项为订金，那么在交易未能达成的情况下，商家应当退还该款项给买方。
如果认定为定金：如果法院最终认定该款项为定金，并且买方存在违约行为导致交易未能达成，那么商家有权不退还该定金；如果商家存在违约行为导致交易未能达成，那么商家应当双倍返还该定金给买方。但需要注意的是，由于转账记录中标注的是“订金”，商家要证明该款项实际为定金可能会面临一定的困难。
建议与措施
保留证据：无论是转账记录还是商家开单，都应当妥善保存作为证据。在发生纠纷时，这些证据将起到至关重要的作用。
沟通协商：在发生纠纷时，首先尝试与商家进行沟通协商，看是否能够达成一致意见并解决问题。
寻求法律帮助：如果沟通协商无果，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和诉讼代理服务，帮助你维护自己的合法权益。
综上所述，在转账记录标明是订金但商家开单却是定金的情况下，一般应以转账记录中标注的“订金”为标准。但具体案件的处理还需要结合实际情况和证据来进行综合判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。