要证明实际履行的合同与两份合同中某一份约定的计价方式不一样，可以从以下几个方面入手：
合同履行过程中的证据收集：
- 工程进度款支付记录：查看实际支付工程进度款时，是依据哪份合同的计价方式进行的。如果支付记录与其中一份合同的计价方式相符，而与另一份不符，这可以作为实际履行合同的证据。
- 工程变更签证单：在工程实施过程中，如果发生了变更，通常会有变更签证单。这些签证单上会注明变更的内容、数量以及计价方式。通过分析这些签证单，可以判断实际采用的是哪份合同的计价方式。
- 现场施工记录：包括施工日志、监理日志等，这些记录中可能会提及实际施工时采用的计价方式或相关费用计算情况。
双方沟通记录：
- 邮件、短信、微信等通讯记录：查找双方在工程实施过程中，就计价方式进行的沟通记录。如果沟通中明确提到了采用某份合同的计价方式，或者对某份合同的计价方式进行了修改或确认，这些都可以作为证据。
- 会议纪要：如果双方就工程计价方式召开过会议，并形成了会议纪要，那么会议纪要中的相关内容也是重要的证据。
第三方证据：
- 审计报告：如果工程结束后进行了审计，审计报告中可能会提及实际采用的计价方式。审计报告作为第三方出具的证据，具有较高的证明力。
- 专家意见：在必要时，可以聘请相关领域的专家对实际履行的合同计价方式进行鉴定，并出具专家意见。
对比分析两份合同：
- 详细对比计价条款：对两份合同的计价条款进行详细对比，找出差异点。然后结合实际履行过程中的证据，分析哪份合同的计价方式更符合实际情况。
- 考虑合同变更情况：如果其中一份合同在履行过程中发生了变更，而另一份没有，那么变更后的合同计价方式更可能是实际履行的计价方式。
在收集证据时，需要注意以下几点：
- 证据的真实性：确保收集到的证据是真实可靠的，没有经过篡改或伪造。
- 证据的完整性：尽量收集完整的证据链，以证明实际履行的合同计价方式。
- 证据的合法性：确保收集证据的过程合法合规，不侵犯他人的合法权益。
如果最终无法确定实际履行的合同计价方式，可能会面临以下法律后果：
- 合同纠纷：双方可能因计价方式不一致而产生纠纷，需要诉诸法律途径解决。
- 经济损失：如果计价方式的不确定导致工程款支付出现问题，可能会给一方或双方带来经济损失。
因此，在工程实施过程中，建议双方明确计价方式，并在合同中详细约定。同时，在履行过程中注意保留相关证据，以避免不必要的纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。