结论：公司车辆事故后已经处罚，但保费上涨扣员工钱这一做法是否合理，需分情况讨论。一般情况下，公司无权直接因保费上涨而扣员工工资，除非双方有明确约定且该约定不违反法律法规。

一、公司车辆事故后的责任承担

1. 事故责任：首先，需要明确车辆事故的责任归属。如果是员工在执行工作任务时发生事故，且事故责任主要由员工承担（如违反交通规则等），那么员工可能需要承担一定的民事赔偿责任。但这种赔偿责任通常是通过保险公司理赔后，根据事故责任比例来确定的，而不是直接由公司从员工工资中扣除。

2. 公司处罚：公司对员工进行处罚，如警告、罚款等，通常需要基于公司内部的规章制度，并且这些规章制度需要符合法律法规的规定。如果公司处罚员工是基于合法有效的规章制度，并且处罚措施与员工的过错程度相适应，那么这种处罚是合理的。但处罚与保费上涨扣钱是两个独立的行为，不能混为一谈。

二、保费上涨与扣员工钱的关系

1. 保费上涨原因：车辆保费上涨通常与车辆事故记录、保险公司的风险评估等因素有关。如果公司车辆发生事故，保险公司可能会提高该车辆的保费。但保费上涨是公司与保险公司之间的商业行为，与员工个人无直接关系。

2. 扣员工钱的合法性：

   • 无明确约定：如果公司没有与员工明确约定，因车辆事故导致保费上涨需要从员工工资中扣除相应费用，那么公司无权直接扣员工工资。这种做法可能违反《劳动法》中关于工资支付的规定，即工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 有明确约定：如果公司与员工在劳动合同或相关规章制度中明确约定，因员工原因导致车辆事故并造成保费上涨，公司有权从员工工资中扣除相应费用，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法可能是合法的。但即便如此，公司也需要确保扣除的费用与员工的过错程度相适应，并且不得违反最低工资标准等法律法规的规定。

三、建议与措施

1. 审查公司规章制度：员工可以审查公司的相关规章制度，了解是否有关于因车辆事故导致保费上涨扣员工工资的规定。如果规定不合理或违反法律法规，员工可以向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。

2. 协商与沟通：员工可以与公司进行协商和沟通，了解公司扣工资的具体原因和依据，并尝试达成合理的解决方案。如果协商无果，员工可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。

3. 寻求法律援助：如果员工认为公司的做法侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并采取相应的法律措施。

总结：公司车辆事故后已经处罚，但保费上涨扣员工钱这一做法是否合理，需根据具体情况来判断。员工应审查公司规章制度、与公司进行协商沟通，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。