当公司发生变更，如业务转让、合作调整或公司合并分立等情况，导致员工需要更换用工主体时，员工的工作年限、经济补偿等权益的处理是一个关键问题。以下是对此问题的详细解答：
一、工作年限的连续计算
根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第十条的规定，如果劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作，且工作地点、岗位工作均未改变，那么劳动者在原用人单位的工作年限应合并计算为新用人单位的工作年限。这意味着，即使劳动合同的主体发生了变更，员工的工作年限并不会因此中断，而是会连续计算。
举例说明：
- 假设员工A在甲公司工作了3年，后因甲公司业务调整，将A安排到乙公司工作，且工作地点、岗位均未改变。那么，A在乙公司的工作年限应合并计算为在甲公司的3年，即A在乙公司的工作年限从入职甲公司时开始计算。
二、经济补偿的计算与支付
原用人单位未支付经济补偿的情况：
- 如果原用人单位在变更用工主体时未向员工支付经济补偿，且新用人单位在依法解除或终止劳动合同时需要支付经济补偿，那么员工在原用人单位的工作年限应合并计算为新用人单位的工作年限，用于计算经济补偿。
原用人单位已支付经济补偿的情况：
- 如果原用人单位在变更用工主体时已经向员工支付了经济补偿，那么新用人单位在依法解除或终止劳动合同时计算支付经济补偿的工作年限时，不再计算员工在原用人单位的工作年限。
举例说明：
- 继续以员工A为例，如果A在甲公司工作3年后被安排到乙公司，且甲公司未支付经济补偿。后来，乙公司因某种原因需要解除与A的劳动合同，那么乙公司应支付A的经济补偿应包括A在甲公司的3年工作年限。
- 如果甲公司在安排A到乙公司时已经支付了经济补偿，那么乙公司在计算支付经济补偿时，就不再计算A在甲公司的3年工作年限。
三、特殊情况的处理
员工不同意变更用工主体：
- 如果员工不同意从原用人单位变更到新用人单位，且原用人单位无法提供其他合适岗位，那么原用人单位在与员工解除劳动合同时，应依法支付经济补偿。
三方协议的情况：
- 如果员工、原用人单位和新用人单位签订了三方协议，明确约定了工作年限的承接、经济补偿的支付等事项，那么应按照三方协议的约定执行。
四、建议与注意事项
保留相关证据：
- 员工在变更用工主体时，应保留好与原用人单位和新用人单位的劳动合同、工作证明、工资单等相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
了解法律法规：
- 员工应了解相关的劳动法律法规，特别是关于工作年限连续计算和经济补偿支付的规定，以便在变更用工主体时能够做出明智的决策。
及时咨询专业意见：
- 如果员工对变更用工主体后的权益处理有疑问或不确定，应及时咨询专业的劳动法律师或劳动仲裁机构，以获取准确的法律意见和帮助。
综上所述，当公司发生变更导致员工需要更换用工主体时，员工的工作年限应连续计算，经济补偿的计算与支付应根据原用人单位是否已支付经济补偿以及新用人单位的解除或终止劳动合同情况来确定。员工应保留好相关证据，了解法律法规，并在需要时及时咨询专业意见。