结论：不可以直接让公司扣押工资来偿还同事所借的钱。

分析如下：

1. 工资的性质与保护：

   • 工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，属于劳动者的合法财产，受到法律的保护。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。

2. 债务关系的独立性：

   • 你与同事之间的借贷关系是独立的民事法律关系，与你的劳动关系及工资支付无直接关联。
   • 同事借钱跑路，这是你与同事之间的债务纠纷，应当通过法律途径（如起诉、申请支付令等）来解决，而不能直接要求公司扣押工资。

3. 公司的责任与义务：

   • 公司作为用人单位，其责任是按照劳动合同约定和国家法律规定，按时足额支付劳动者工资。
   • 公司没有义务也没有权利因为你的个人债务纠纷而扣押你的工资。如果公司擅自扣押工资，可能构成违法行为，需要承担相应的法律责任。

4. 解决债务纠纷的正确途径：

   • 你可以收集相关证据（如借条、转账记录等），向法院提起诉讼，要求同事偿还借款。
   • 如果同事下落不明，你可以向法院申请宣告其为失踪人，并指定财产代管人，然后通过财产代管人追讨债务。
   • 你也可以尝试通过调解、仲裁等非诉讼方式解决债务纠纷，但这需要同事的配合和同意。

建议：

• 保留好所有与借贷相关的证据，以备不时之需。
• 尽快通过法律途径解决债务纠纷，避免损失扩大。
• 如果对法律程序不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保你的权益得到充分保护。

后续行动：

• 如果你需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和指导。