在认罪认罚中，若不同案件同时判罚时被告对其中一个案件不认罪，这种情况下不能对整个案件适用认罪认罚制度，但可能对认罪的部分案件适用该制度。以下从不同角度进行详细分析：
一、认罪认罚制度的基本原则
认罪认罚制度旨在鼓励犯罪嫌疑人、被告人自愿认罪并接受处罚，从而简化诉讼程序、提高诉讼效率。其核心在于“认罪”和“认罚”两个要素，即犯罪嫌疑人、被告人需如实供述自己的罪行，并同意接受检察机关提出的量刑建议。
二、对部分案件不认罪的影响
整体适用性：若被告对多个合并审理的案件中的某一个不认罪，则意味着其并未对所有指控的犯罪事实都表示认罪。根据认罪认罚制度的基本原则，这种情况下不能对整个案件适用认罪认罚制度。因为认罪认罚要求的是对全部指控事实的认罪，而非部分认罪。
部分适用性：尽管不能对整个案件适用认罪认罚制度，但对于被告认罪的部分案件，仍然可以适用该制度。即，如果被告对其中部分案件认罪并接受处罚，那么这部分案件可以按照认罪认罚的程序进行审理和判决。
三、法律后果与程序处理
法律后果：对于认罪的部分案件，由于被告已经表示认罪并接受处罚，因此法院在判决时可能会给予一定的量刑优惠。而对于不认罪的部分案件，则需要按照正常的诉讼程序进行审理，包括举证、质证、辩论等环节。
程序处理：在合并审理的案件中，如果被告对部分案件不认罪，法院可能会根据案件的具体情况，决定是否对认罪和不认罪的部分进行分开审理。这有助于确保诉讼程序的公正性和效率性。
四、实际操作中的建议
明确认罪态度：被告在面临多个合并审理的案件时，应明确自己的认罪态度。如果对部分案件认罪，应对这部分案件如实供述罪行并接受处罚；如果对部分案件不认罪，则应积极准备辩护材料，维护自己的合法权益。
与检察机关沟通：在认罪认罚过程中，被告应与检察机关进行充分沟通，了解检察机关提出的量刑建议和认罪认罚的具体要求。这有助于被告做出明智的决策，并确保自己的权益得到充分保障。
寻求专业法律帮助：由于认罪认罚制度涉及复杂的法律问题和程序要求，因此被告在面临此类情况时，应寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助被告更好地应对认罪认罚过程中的各种挑战。
总结来说，在认罪认罚中，若不同案件同时判罚时被告对其中一个案件不认罪，不能对整个案件适用认罪认罚制度，但可能对认罪的部分案件适用。被告应明确自己的认罪态度，与检察机关进行充分沟通，并在必要时寻求专业律师的帮助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。