结论：原配起诉“小三”时，调查令一般不能直接用于查询其老公的电话，但可以通过合法途径间接获取相关信息，且需严格遵守法律规定。以下从不同角度详细分析：
一、调查令的适用范围与限制
调查令是法院为查明案件事实，根据当事人的申请，向有关单位或个人签发的，要求其协助调查收集证据的法律文书。其适用范围通常限于与案件直接相关的证据材料，如银行流水、交易记录、通讯记录等，且这些材料需对案件事实的认定具有实质性帮助。
直接查询电话的局限性：电话号码本身并不直接构成证明“小三”与原配配偶存在不正当关系的直接证据。因此，单纯以查询电话号码为目的申请调查令，可能因缺乏直接关联性而被法院驳回。
合法获取通讯记录的途径：若原配希望获取其老公与“小三”之间的通讯记录，以证明双方存在不正当关系，可以通过合法途径申请调查令，要求通讯公司（如移动、联通、电信等）提供特定时间段内的通话记录或短信记录。但需注意，这些记录需与案件事实具有直接关联性，且申请时需明确说明调查目的和范围。
二、合法获取证据的途径
在婚姻家庭纠纷中，原配若希望证明其配偶与“小三”存在不正当关系，需通过合法途径收集证据。以下是一些可能的途径：
自行收集证据：原配可以尝试通过合法手段，如观察、记录配偶与“小三”的交往情况，保存相关照片、视频等证据。但需注意，不得侵犯他人隐私权或采取非法手段收集证据，否则可能面临法律责任。
申请法院调查取证：若原配因客观原因无法自行收集证据，可以向法院申请调查取证。法院会根据案件需要和法律规定，决定是否签发调查令或采取其他调查措施。
委托律师调查：原配可以委托专业律师进行调查取证。律师具有专业的法律知识和调查技能，能够更有效地收集证据，并确保证据的合法性和有效性。
三、法律建议与风险提示
尊重法律程序：在收集证据过程中，原配应严格遵守法律程序，不得采取非法手段或侵犯他人合法权益。否则，即使收集到证据，也可能因证据不合法而被法院排除。
谨慎使用调查令：调查令是法院签发的法律文书，具有强制力。原配在申请调查令时，应明确调查目的和范围，确保与案件事实具有直接关联性。同时，应尊重被调查单位的合法权益，不得滥用调查令。
寻求专业帮助：婚姻家庭纠纷涉及复杂的法律关系和情感问题，原配在处理此类纠纷时，建议寻求专业律师的帮助。律师能够提供全面的法律咨询和代理服务，帮助原配更好地维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案。