结论：您发现自己工资高于实际发放工资的情况已经持续六年，是否还可以起诉，这主要取决于您是否已经知道或应当知道自己的权益受到侵害的时间点，以及是否存在诉讼时效中断或中止的情形。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，但特殊情况下可能延长或重新计算。

详细分析：

1. 诉讼时效的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

2. 诉讼时效的特殊情况：

   • 中断情形：如果您在知道或应当知道权益受损后，向用人单位提出过异议、申请调解、申请仲裁或提起诉讼等，这些行为都可能导致诉讼时效的中断，并从中断时起重新计算一年时效。
   • 中止情形：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果您因不可抗力或其他正当理由不能行使请求权的，诉讼时效中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。

3. 您的情况分析：

   • 如果您在这六年内一直不知道自己的实际工资与应得工资存在差异，且没有证据表明您应当知道这一事实，那么您可能仍然有权在发现后的一年内提起仲裁或诉讼。
   • 如果您在这六年内已经知道或应当知道自己的权益受到侵害，但一直没有采取任何行动，那么您可能已经超过了诉讼时效，除非存在上述的中断或中止情形。

4. 建议行动：

   • 收集证据：首先，您需要收集所有能证明您应得工资与实际发放工资存在差异的证据，如工资条、银行流水、劳动合同等。
   • 咨询专业意见：由于劳动争议案件的复杂性和时效性要求，我建议您尽快咨询专业律师，以评估您的具体情况和可能的法律途径。
   • 及时行动：如果律师认为您仍然有权提起仲裁或诉讼，那么您应该尽快行动，以免错过最后的时效期限。

后续思考：

• 在处理此类劳动争议时，时效性是一个非常重要的因素。因此，我建议您在发现权益受损后，尽快采取行动，以保护自己的合法权益。
• 同时，我也提醒您，在未来的工作中，要更加关注自己的工资发放情况，及时核对工资条和银行流水，以确保自己的权益不受侵害。

如果您有任何进一步的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。