针对您提出的“年假申请辞职作废怎么办”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益的重要议题。首先，我们需要明确的是，年休假是劳动者的法定权利，用人单位不能随意剥夺或限制。

一、关于“自愿放弃”年休假的有效性

在您提到的情境中，如果用人单位在离职申请系统中设置“自愿放弃”年休假的选项，并且没有提供其他合理的选择，这实际上可能构成对劳动者年休权的限制。根据相关法律法规和司法实践，如上海市浦东新区人民法院审结的案例所示，即使劳动者在离职时勾选了“自愿放弃”年休假，但如果用人单位未能证明已安排劳动者休假或劳动者主动拒绝休假，用人单位仍需支付未休年休假的折算工资。

二、关于企业《员工手册》中“自动放弃”年休假的规定

有些企业会在《员工手册》中规定，如果员工未能在规定时间内使用年休假，将视为自动放弃。然而，这种规定并不一定有效。如王女士的案例所示，即使企业有这样的规定，但如果企业无法证明曾安排员工休假而员工拒绝，企业仍需支付未休年休假的工资。

三、关于旅游、团建冲抵年假的问题

企业安排员工参加旅游、团建等活动，虽然能让员工得到休息，但这与劳动者休年休假是两个不同的概念。年休假是劳动者根据工作年限和法律规定享有的休息时间，而旅游、团建则是企业为了增进员工间的团结和凝聚力而组织的活动。因此，企业不能以旅游、团建等活动冲抵员工的年休假。

四、关于您的具体问题

如果您在离职时发现年假申请被作废，或者用人单位以各种理由拒绝支付未休年休假的工资，您可以采取以下措施：

1. 收集证据：保留与年休假相关的所有证据，如工作记录、考勤记录、与用人单位的沟通记录等。
2. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位协商解决，要求用人单位支付未休年休假的工资。
3. 申请劳动仲裁：如果协商无果，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付未休年休假的工资及可能的赔偿。
4. 提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，您还可以向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

五、建议

为了避免类似情况的发生，建议您在入职时仔细阅读并了解用人单位的《员工手册》和相关规章制度，特别是关于年休假的规定。同时，在工作过程中，及时与用人单位沟通并确认自己的年休假情况，确保自己的合法权益得到保障。

总之，年休假是劳动者的法定权利，用人单位不能随意剥夺或限制。如果您在离职时遇到年假申请被作废的问题，不要慌张，按照上述步骤采取行动，维护自己的合法权益。