结论：事业单位六年后重新计算住房补贴是否合法，需根据具体情况判断，包括补贴性质、发放依据、重新计算的原因及程序等因素。以下从不同角度进行分析：
一、住房补贴的性质与发放依据
住房补贴的性质：
- 住房补贴通常是事业单位为职工提供的一种福利，旨在帮助职工解决住房问题。其性质可能属于工资性补贴或福利性补贴，具体取决于补贴的发放方式和目的。
发放依据：
- 住房补贴的发放应依据事业单位的相关规章制度或政策文件。这些规章制度或政策文件应明确补贴的发放标准、条件、程序等。
二、重新计算住房补贴的合法性分析
若重新计算基于合法依据：
- 如果事业单位的规章制度或政策文件明确规定了住房补贴的重新计算条件（如职工职位变动、工龄增加、地区房价变化等），且重新计算程序合法合规，那么六年后重新计算住房补贴是合法的。
- 示例：某事业单位规定，职工每工作满五年，住房补贴标准提高一定比例。在此情况下，六年后根据职工工龄重新计算住房补贴是合法的。
若重新计算缺乏合法依据：
- 如果事业单位的规章制度或政策文件未规定住房补贴的重新计算条件，或者重新计算程序存在违法违规情况（如未经职工同意擅自调整补贴标准），那么六年后重新计算住房补贴可能不合法。
- 示例：某事业单位在未与职工协商的情况下，擅自决定六年后降低住房补贴标准。此行为可能违反相关法律法规和规章制度，因此不合法。
三、职工权益保护与法律救济
职工权益保护：
- 职工有权了解住房补贴的发放依据、标准和程序。如果事业单位重新计算住房补贴，职工有权要求事业单位提供合法依据和解释。
- 职工应保留好与住房补贴相关的证据材料（如工资条、补贴发放记录等），以便在发生争议时维护自己的合法权益。
法律救济：
- 如果职工认为事业单位重新计算住房补贴的行为不合法，可以通过内部申诉、劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径维护自己的权益。
- 建议：在采取法律救济措施前，职工可以先与事业单位进行协商沟通，尝试通过友好方式解决问题。如果协商无果，再考虑采取法律手段。
四、特殊情况考虑
- 如果事业单位的住房补贴政策因国家政策调整或法律法规变化而需要重新计算，且调整后的政策符合法律法规要求，那么这种重新计算是合法的。
- 如果事业单位因经营困难或其他特殊原因需要调整住房补贴政策，应与职工进行充分沟通并协商解决方案，确保调整过程合法合规且尽量减少对职工权益的影响。
最后，事业单位六年后重新计算住房补贴是否合法需根据具体情况判断。如果您对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。