子公司代发工资通常不会改变劳动关系。以下从不同角度为你详细分析：

劳动关系认定的核心要素

劳动关系的认定主要依据用人单位与劳动者之间是否存在管理与被管理的关系、劳动者是否接受用人单位的规章制度约束、劳动者提供的劳动是否是用人单位业务的组成部分等因素，而非单纯依据工资的发放主体。例如，在许多集团公司中，母公司可能会委托子公司为其员工代发工资，但员工的实际用人单位仍然是母公司，员工接受母公司的管理，从事母公司安排的工作，此时劳动关系并未因工资由子公司代发而发生改变。

工资代发与劳动关系的实际关联

1. 合同主体决定劳动关系：劳动合同是确定劳动关系的关键依据。如果劳动者是与母公司签订的劳动合同，那么即使工资由子公司代发，劳动关系依然存在于劳动者与母公司之间。子公司只是按照母公司的指示或委托，履行代发工资的义务，并不改变劳动关系的归属。
2. 实际管理关系：劳动关系的核心在于实际的管理与被管理关系。如果劳动者在工作中接受母公司的管理和指挥，遵守母公司的规章制度，那么无论工资由谁发放，劳动关系都应归属于母公司。例如，母公司对劳动者的工作任务、工作时间、工作地点等进行安排和调整，子公司并不参与这些管理活动。

特殊情况分析

虽然一般情况下子公司代发工资不会改变劳动关系，但也存在一些特殊情况可能导致劳动关系的认定发生变化：

1. 存在多重劳动关系：如果劳动者同时与母公司和子公司存在劳动关系，且都符合劳动关系的认定标准，那么就可能存在多重劳动关系。例如，劳动者在母公司担任某一职位，同时又在子公司兼任另一职位，且都接受相应公司的管理和指挥，此时就需要根据具体情况来确定两个公司各自承担的劳动法律责任。不过，这种情况相对较少，且需要满足较为严格的条件。
2. 子公司实际用工：如果子公司不仅代发工资，还实际对劳动者进行管理、安排工作任务等，且劳动者也认为自己是与子公司建立劳动关系，那么可能会被认定为劳动者与子公司之间存在劳动关系。例如，子公司以自己的名义招聘劳动者，与劳动者签订劳动合同（即使合同内容可能涉及母公司的业务），并对劳动者进行日常管理和工作安排，此时劳动关系的认定可能会倾向于子公司。

法律建议

1. 对于劳动者：如果你遇到子公司代发工资的情况，首先要查看自己与哪家公司签订了劳动合同，以及实际接受哪家公司的管理。如果对劳动关系的认定存在疑问，可以收集相关证据，如劳动合同、工作证、工资条、考勤记录等，以证明自己与用人单位之间的劳动关系。如果发生劳动纠纷，这些证据将有助于维护你的合法权益。
2. 对于用人单位：母公司如果委托子公司代发工资，应当明确双方的权利和义务，避免因工资代发问题导致劳动关系的混淆。可以在委托协议中明确约定子公司仅负责代发工资，不涉及劳动关系的其他方面。同时，母公司应当继续履行对劳动者的管理职责，确保劳动关系的稳定和合法。

如果你在劳动关系认定方面还有其他疑问，或者遇到了相关的法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。