在楼顶建四合院是否合法，需分情况讨论，主要取决于是否满足相关法律法规和规划要求。以下从不同角度为您详细分析：
规划许可角度：
- 根据《城乡规划法》的相关规定，任何建设活动，包括在楼顶进行建设，都需要事先取得建设工程规划许可证。若未取得该许可证，擅自进行建设，则属于违法建设行为。
- 因此，若要在楼顶建四合院，首先需向当地城乡规划部门申请建设工程规划许可证，并确保建设活动符合城市规划和相关要求。
房屋结构安全角度：
- 楼顶作为房屋的一部分，其结构安全至关重要。在楼顶进行建设，可能会增加房屋的荷载，对房屋结构安全造成影响。
- 在进行建设前，需对房屋结构进行安全评估，确保建设活动不会对房屋结构安全造成威胁。若未经评估或评估不合格而擅自进行建设，则可能面临房屋结构安全方面的法律责任。
相邻权角度：
- 在楼顶进行建设，还可能涉及相邻权问题。如建设活动可能影响相邻房屋的采光、通风等权益，则需事先与相邻房屋的所有权人进行协商，并取得其同意。
- 若未经协商或协商不成而擅自进行建设，则可能面临相邻权纠纷，甚至需要承担法律责任。
物业管理角度：
- 若您所在的房屋属于小区或公寓等物业管理区域，则还需遵守物业管理方面的规定。如物业管理合同中可能明确禁止在楼顶进行建设活动，或要求事先取得物业管理的同意。
- 若违反物业管理规定而擅自进行建设，则可能面临物业管理的制止、罚款等处理措施。
法律建议：
- 在决定在楼顶建四合院前，建议先咨询当地城乡规划部门，了解相关规划和建设要求，并申请建设工程规划许可证。
- 同时，对房屋结构进行安全评估，确保建设活动不会对房屋结构安全造成威胁。
- 与相邻房屋的所有权人进行协商，取得其同意，以避免相邻权纠纷。
- 遵守物业管理方面的规定，确保建设活动符合物业管理要求。
可能后果：
- 若未经许可擅自进行建设，可能面临城乡规划部门的查处，包括责令停止建设、限期拆除、罚款等处理措施。
- 若建设活动对房屋结构安全造成影响，可能面临房屋结构安全方面的法律责任，包括赔偿损失等。
- 若引发相邻权纠纷，可能面临相邻房屋所有权人的诉讼，需要承担相应的法律责任。
综上所述，在楼顶建四合院是否合法，需综合考虑多个因素。建议您在进行建设前，充分了解相关法律法规和规划要求，并咨询专业人士的意见，以确保建设活动的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。