明确结论：楼顶违建不能转为合法建筑，无论其存在多长时间，都不会因时间的推移而自动获得合法性。
法律依据与详细分析：
违建的非法性质：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，均属于违法建设行为。这种行为自始至终都是违法的，不会因为时间的流逝而改变其非法性质。
时效原则的适用范围：
- 虽然《行政处罚法》规定了违法行为在二年内（特定情况下延长至五年）未被发现的，不再给予行政处罚的时效原则，但这并不适用于违建的合法性判断。违建是一种持续的违法行为状态，只要其违建状态持续存在，行政机关就有权依法进行处理，包括要求限期拆除和给予相应处罚。
违建的处理方式：
- 对于违建，行政机关通常会根据具体情况采取责令停止建设、限期改正、罚款、限期拆除或没收实物及违法收入等措施。这些措施旨在纠正违法行为，恢复规划秩序，而不是承认违建的合法性。
法律后果与建议：
- 法律后果：违建不仅可能面临行政处罚，还可能对房屋产权产生负面影响。例如，违建部分可能无法获得产权证书，或者在房屋转让、抵押等交易中受到限制。此外，违建还可能引发邻里纠纷、安全隐患等问题。
- 建议：
- 避免违建：作为业主或建设单位，应严格遵守相关法律法规，避免进行任何形式的违法建设行为。在建设前，应确保已取得必要的规划许可和施工许可。
- 主动整改：对于已经存在的违建，应尽快主动与相关部门沟通，寻求整改或拆除的方案。配合政府部门的整改要求，不仅是对法律的尊重，也是对自身权益的保护。通过整改或拆除违建，可以消除法律风险，减少可能的损失。
- 了解法律后果：在决定是否进行违建或处理已有违建时，应充分了解相关法律后果和风险。这有助于做出明智的决策，避免不必要的法律纠纷和经济损失。
总结：
楼顶违建不能转为合法建筑，其非法性质不会因时间的推移而改变。无论何时发现违建，只要其违建状态持续存在，相关行政机关都有权依法进行处理。因此，作为业主或建设单位，应严格遵守相关法律法规，避免违建行为的发生；对于已经存在的违建，则应积极寻求整改或拆除方案，以消除法律风险并减少可能的损失。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。