结论：公司之间的结算剩余款不退还是否违法，需根据具体情况判断，包括合同约定、款项性质、是否存在合法抗辩事由等因素。以下从不同角度详细分析：

1. 合同约定优先

• 法律依据：根据《民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若双方合同明确约定了结算剩余款的处理方式（如退还时间、条件等），一方未按约定退还，则构成违约，需承担违约责任。
• 示例：若合同约定“项目结束后30日内，甲方应将剩余预付款退还乙方”，但甲方未退还，则乙方可依据合同要求甲方履行退还义务，并可能主张违约金或赔偿损失。

2. 款项性质影响

• 合法留置权：若结算剩余款涉及对方未履行的义务（如未提供发票、未完成验收等），且符合《民法典》第四百四十七条关于留置权的规定（如债权人合法占有债务人动产、债务到期未履行等），则可能构成合法留置，暂不退还。
• 不当得利：若款项无合法依据（如多付、错付），根据《民法典》第九百八十五条，受领人应返还。若拒不退还，可能构成不当得利，需承担返还责任。

3. 合法抗辩事由

• 同时履行抗辩权：若双方互负债务（如甲方未支付货款，乙方未退还剩余款），且债务无先后履行顺序，根据《民法典》第五百二十五条，一方在对方未履行前可拒绝履行。
• 先履行抗辩权：若合同约定一方需先履行义务（如乙方需先提供服务），但甲方未履行，乙方可根据《民法典》第五百二十六条拒绝退还剩余款。

4. 法律后果

• 违约责任：若构成违约，需承担继续履行、赔偿损失等责任。损失计算可参考《民法典》第五百八十四条，包括直接损失（如利息）和可得利益损失（如预期收益）。
• 诉讼风险：若协商无果，对方可能起诉要求退还。法院将审查合同、履行情况等证据，判决是否退还及金额。

5. 建议行动

• 核查合同：首先检查合同条款，明确双方权利义务。
• 沟通协商：与对方沟通，了解未退还原因，尝试协商解决方案（如分期退还、抵扣其他款项）。
• 法律手段：若协商无果，可发送律师函催告，或直接起诉要求退还，并申请财产保全（如冻结对方账户）。

总结：公司之间的结算剩余款是否需退还，需结合合同、款项性质及抗辩事由综合判断。建议优先通过协商解决，若无法达成一致，可依法维权。如有具体合同或纠纷细节，可进一步向我咨询，我将提供针对性法律意见。