公司赔偿分期协议并不必然需要仲裁结案，这主要取决于双方是否已经就赔偿事宜达成一致，并且该协议是否已经得到了有效的履行或确认。以下从不同角度为你详细分析：
双方协商一致且协议有效履行
- 如果双方已经就工伤赔偿事宜达成了分期赔偿协议，并且该协议是双方真实意思的表示，没有违反法律法规的强制性规定，那么该协议就是有效的。
- 在这种情况下，只要双方按照协议的约定履行各自的义务，就不需要再通过仲裁或诉讼等法律程序来结案。例如，公司按照协议约定的时间和金额支付赔偿款，员工也接受了这些支付，并且没有提出异议。
协议存在争议或未履行
- 如果双方虽然签订了分期赔偿协议，但在履行过程中出现了争议，比如公司未按照协议约定的时间和金额支付赔偿款，或者员工对赔偿款的金额或支付方式有异议，那么双方可能需要通过仲裁或诉讼等法律程序来解决争议。
- 在这种情况下，仲裁或诉讼的目的是为了确认协议的效力、解决争议，并作出具有法律约束力的裁决或判决。但需要注意的是，即使进入了仲裁或诉讼程序，双方仍然可以在仲裁庭或法院的主持下进行调解，达成新的赔偿协议。
协议与仲裁或诉讼的关系
- 仲裁或诉讼并不是解决工伤赔偿问题的唯一途径，而是当双方无法自行协商解决争议时的一种法律救济手段。
- 如果双方已经通过协商达成了分期赔偿协议，并且该协议已经得到了有效的履行或确认，那么就没有必要再通过仲裁或诉讼来结案。反之，如果双方无法协商解决争议，或者协商后达成的协议无法得到有效履行，那么仲裁或诉讼就可能是必要的解决途径。
建议：
- 在签订分期赔偿协议前，双方应充分沟通、协商，确保协议的内容明确、具体、可行，并尽量避免出现争议。
- 如果协议履行过程中出现了争议，双方应首先尝试通过友好协商的方式解决。如果协商无果，可以考虑寻求第三方调解或仲裁机构的帮助。
- 在任何情况下，都应保留好与赔偿事宜相关的所有证据和文件，以便在需要时能够证明自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。