结论：协商一致离职申请撤回后，若公司未盖章且未实际办理离职手续，劳动关系一般仍然存续；但若公司已明确表示接受离职申请或已实际办理离职相关手续，则劳动关系可能已终止。以下从不同角度进行详细分析：
一、离职申请撤回的法律效力
撤回的时机与条件：
- 离职申请是劳动者向用人单位提出的解除劳动合同的意思表示。在离职申请到达用人单位之前或同时，劳动者有权撤回该申请，这是基于意思表示的撤回原理。
- 若离职申请已到达用人单位，但用人单位尚未作出接受或拒绝的意思表示，且劳动者能够证明其已撤回离职申请（如通过书面通知、电子邮件等可追溯的方式），则离职申请可视为未生效。
公司未盖章的影响：
- 公司未盖章并不直接决定离职申请的效力。盖章是公司对离职申请的一种确认方式，但并非唯一方式。若公司未盖章但已实际接受离职申请（如安排工作交接、停发工资等），则视为双方已就解除劳动合同达成一致。
- 若公司未盖章且未实际接受离职申请，劳动者撤回离职申请后，劳动关系应视为仍然存续。
二、劳动关系存续的判断标准
劳动合同的履行情况：
- 劳动关系是否存续，主要看劳动合同是否仍在履行。若劳动者仍在原岗位工作，用人单位继续支付工资、缴纳社会保险等，则视为劳动关系存续。
- 若劳动者已停止工作，且用人单位已停止支付工资、缴纳社会保险等，则可能视为劳动关系已终止。
双方的意思表示：
- 双方的意思表示是判断劳动关系是否存续的重要依据。若劳动者明确表示撤回离职申请，且用人单位未表示接受或拒绝，同时双方未实际办理离职手续，则劳动关系应视为仍然存续。
- 若用人单位已明确表示接受离职申请，或已实际办理离职相关手续（如工作交接、离职证明等），则劳动关系可能已终止。
三、实际操作中的建议
保留证据：
- 劳动者在撤回离职申请时，应尽量通过书面方式（如电子邮件、快递等）进行，并保留好相关证据，以证明其已撤回离职申请。
- 若公司未盖章或未明确表示接受离职申请，劳动者应继续履行劳动合同，避免擅自离职或停止工作。
与公司沟通：
- 劳动者在撤回离职申请后，应与公司进行积极沟通，明确双方的意思表示和劳动关系状态。
- 若公司坚持认为劳动关系已终止，劳动者可要求公司出具书面证明或说明理由，并保留好相关证据以备后续维权。
寻求法律帮助：
- 若劳动者与公司就劳动关系是否存续产生争议，且无法通过沟通解决，可寻求法律帮助或向劳动仲裁机构申请仲裁。
举例说明：假设劳动者小张向公司提交了离职申请，但随后因个人原因决定撤回该申请。小张通过电子邮件向公司发送了撤回离职申请的通知，并保留了相关证据。若公司未对撤回通知进行回复，且未实际办理离职手续（如未停发工资、未要求小张进行工作交接等），则小张与公司的劳动关系应视为仍然存续。
总结：协商一致离职申请撤回后，劳动关系的存续状态取决于双方的意思表示和劳动合同的履行情况。若公司未盖章且未实际办理离职手续，劳动关系一般仍然存续。但具体情况还需根据双方的实际行为和证据进行判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。