如果店铺不承认店员是其员工，在涉及侵权损害等法律纠纷时，这确实会成为一个需要解决的问题。以下是从不同角度为你提供的分析和建议：
证据收集与固定：
- 工作证明：首先，尝试收集能证明该店员与店铺存在劳动关系的证据，如工作证、工资条、考勤记录、工作服、工作照片、同事证言等。这些证据能够直接或间接证明店员与店铺之间的雇佣关系。
- 监控录像：如果店铺内有监控录像，且录像中显示了店员在店铺内工作的情况，这也是非常有力的证据。
- 交易记录：如果店员在提供服务或销售商品时涉及了交易，相关的交易记录（如收据、发票、支付凭证等）也可能间接证明其与店铺的关系。
法律途径：
- 劳动仲裁：如果纠纷涉及劳动关系确认，可以向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，要求确认店员与店铺之间的劳动关系。劳动仲裁委员会会根据双方提供的证据进行裁决。
- 民事诉讼：如果纠纷涉及侵权损害赔偿，且店铺不承认店员是其员工，你可以直接向法院提起民事诉讼，将店铺和店员（如果可能的话）列为共同被告。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据来证明店铺的过错以及店员的行为与店铺之间的关联。
店铺的责任：
- 雇主责任：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，雇主对其雇员在从事雇佣活动中致人损害的行为应当承担赔偿责任。因此，如果店员在执行工作任务时造成了你的损害，店铺作为雇主应当承担相应的赔偿责任。
- 表见代理：如果店员的行为足以让第三人（如你）相信其有代理权，且这种相信是合理的，那么店铺可能需要承担表见代理的责任。这通常发生在店员持有店铺的授权文件、工作证或以其他方式表明其有权代表店铺行事的情况下。
实际操作建议：
- 与店铺协商：在采取法律途径之前，可以尝试与店铺进行协商，看是否能够达成和解。协商时，可以出示你收集到的证据，以增加说服力。
- 寻求法律援助：如果你对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我，徐东川律师，专注于侵权纠纷领域）。我可以为你提供专业的法律建议和指导，帮助你更好地维护自己的权益。
在处理此类纠纷时，关键在于收集并固定充分的证据来证明店员与店铺之间的关系以及店铺的过错。如果证据充分且合理，那么店铺很难否认其责任。如果你有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。