结论：工程合同中“包括但不限于”所列举的项目若未施工，是否应剔除需根据合同具体条款、双方协商及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确性

• 若合同明确约定：若工程合同中明确约定了“包括但不限于”所列举的项目为合同范围内的施工内容，且未施工部分属于合同约定的必要组成部分，那么未施工部分通常不应随意剔除。因为合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力，双方应严格按照合同约定履行义务。
• 若合同未明确约定：若合同对“包括但不限于”所列举的项目是否必须施工没有明确约定，或者约定模糊，那么双方可以通过协商来确定未施工部分的处理方式。在协商过程中，可以考虑项目的实际必要性、对工程整体的影响、双方的经济利益等因素。

2. 双方协商的结果

• 协商剔除：如果双方经过协商，一致同意将未施工部分从合同范围内剔除，并且就剔除后的合同价款、工期等事项达成新的协议，那么这是完全可行的。这种协商变更合同的方式在法律上是允许的，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定。
• 协商不剔除：如果双方协商后认为未施工部分对工程整体有重要影响，或者剔除后会导致合同目的无法实现，那么双方可以协商确定其他解决方案，如调整工期、增加价款等，以确保合同的顺利履行。

3. 法律规定的适用

• 合同变更的法律规定：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人协商一致，可以变更合同。因此，如果双方就未施工部分的处理达成一致意见，并且符合法律规定的变更条件，那么这种变更是有法律效力的。
• 违约责任的承担：如果一方未经对方同意，擅自将未施工部分从合同范围内剔除，导致对方遭受损失的，那么擅自剔除方应承担违约责任。违约责任的承担方式包括赔偿损失、支付违约金等，具体应根据合同约定和法律规定来确定。

4. 实际操作中的建议

• 审查合同条款：在处理未施工部分时，首先应仔细审查合同条款，明确双方的权利和义务。
• 积极协商沟通：双方应积极沟通协商，寻求合理的解决方案。在协商过程中，应保持诚信原则，尊重对方的合法权益。
• 保留相关证据：在处理未施工部分的过程中，双方应保留好相关证据，如协商记录、变更协议等，以备不时之需。

举例说明：假设一份工程合同中约定了“包括但不限于”地基处理、主体结构施工等项目。在实际施工过程中，地基处理部分因地质条件变化未进行施工。此时，双方可以协商确定地基处理部分的处理方式。如果双方协商一致同意剔除地基处理部分，并就剔除后的合同价款、工期等事项达成新的协议，那么这种剔除是有法律效力的。如果双方协商不成，且地基处理部分对工程整体有重要影响，那么双方可能需要通过法律途径来解决争议。

后续行动建议：如果您在处理工程合同中未施工部分的问题时遇到困难或争议，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况和合同条款，为您提供专业的法律建议和解决方案。