合作合同没盖章，在符合一定条件下仍然可以申请仲裁。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同成立与生效的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。合同的成立通常需要双方当事人意思表示一致，并可以通过书面、口头或其他形式达成。盖章是书面合同成立的一种常见方式，但并非唯一方式。

2. 未盖章合同的效力：

   • 如果合作合同虽然未盖章，但双方当事人已经实际履行了合同的主要义务，且对方接受的，根据《民法典》的规定，该合同仍然可以视为成立并生效。在这种情况下，合同对双方当事人具有法律约束力。
   • 另外，如果合同中明确约定了“签字或盖章后生效”的条款，但一方已经履行了主要义务，且对方接受的，也可以视为合同已经生效。

3. 申请仲裁的条件：

   • 仲裁的前提是存在有效的仲裁协议或仲裁条款。如果合作合同中包含了有效的仲裁条款，或者双方事后达成了仲裁协议，那么即使合同未盖章，也可以依据这些条款或协议申请仲裁。
   • 仲裁协议或仲裁条款应当明确约定仲裁机构、仲裁事项等关键内容，以确保仲裁的合法性和有效性。

4. 实际操作建议：

   • 在申请仲裁前，建议先审查合作合同的具体内容，确认是否存在有效的仲裁条款或双方是否事后达成了仲裁协议。
   • 如果合同未盖章但已经实际履行，且对方接受，可以收集相关证据（如履行合同的凭证、对方接受的证据等）以证明合同的存在和效力。
   • 在准备仲裁申请时，应确保仲裁请求明确、具体，并附上相关证据材料以支持自己的主张。

可能面临的法律后果：

• 如果合作合同未盖章且未实际履行，或者虽然履行但对方不接受，且没有有效的仲裁条款或仲裁协议，那么申请仲裁可能会面临被仲裁机构驳回的风险。
• 在仲裁过程中，如果对方提出合同未盖章且无效的抗辩，仲裁机构将根据相关法律法规和合同条款进行审查，并作出裁决。

总结与建议：

• 合作合同没盖章并不意味着一定不能申请仲裁。关键在于合同是否实际履行、对方是否接受以及是否存在有效的仲裁条款或仲裁协议。
• 在面临此类问题时，建议先咨询专业律师以获取具体的法律建议和指导。如果你有相关法律问题，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况为你提供全面的法律分析和建议。