合作合同不能申请劳动仲裁。劳动仲裁是专门处理劳动争议的法定程序，而合作合同是平等主体之间关于设立、变更、终止民事权利义务关系的协议，它涉及的是合作各方之间的民事权利义务关系，不属于劳动关系范畴。因此，合作合同争议不能通过劳动仲裁来解决，而应通过民事诉讼等民事纠纷解决途径来处理。

为了更具体地说明这一点，我可以从以下几个方面进行阐述：

1. 劳动仲裁的适用范围：

   • 劳动仲裁主要处理的是劳动者与用人单位之间因执行劳动法律、法规和履行劳动合同而发生的纠纷，如工资、工时、劳动保护、社会保险等争议。

2. 合作合同的性质：

   • 合作合同是平等主体的公民、法人和其他组织之间关于设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。它并不直接涉及劳动关系，而是基于合作各方之间的民事约定。

3. 合作合同争议的解决方式：

   • 如果在合作合同履行过程中发生争议，合作各方应首先尝试通过协商或调解来解决。如果协商或调解无果，合作各方可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，通过民事诉讼程序来解决争议。

综上所述，合作合同不能申请劳动仲裁。如果合作合同在履行过程中发生争议，应通过民事诉讼等民事纠纷解决途径来处理。希望这个解答能够帮到您，如果您还有其他法律问题，可以直接向我咨询。