核心结论：实际施工已完成但合同在甲方手中，您仍可通过收集其他证据来证明施工事实及双方权利义务关系，进而向法院提起诉讼。以下是具体分析：

1. 合同虽在甲方，但非起诉绝对障碍

   • 合同是证明双方权利义务关系的重要证据，但并非唯一证据。即使合同原件在甲方手中，您仍可通过其他方式证明施工事实及双方约定。例如，施工过程中的往来函件、会议纪要、付款凭证、验收报告、现场照片或视频、证人证言等，均可作为辅助证据。
   • 若您能提供充分证据证明施工事实及双方存在合同关系（如通过上述辅助证据形成完整证据链），法院仍会受理您的起诉，并依据证据认定案件事实。

2. 起诉前的证据收集与准备

   • 收集施工证据：整理施工过程中的所有相关文件，包括但不限于施工图纸、变更通知、进度报告、质量检验记录等。这些文件能证明您实际履行了施工义务。
   • 获取付款或结算证据：若甲方曾支付过部分款项或进行过结算，保留相关付款凭证或结算单。这些证据能证明双方存在经济往来及甲方对施工事实的认可。
   • 寻找证人：若有可能，寻找参与施工的工人、监理、供应商等作为证人，他们的证言能进一步证明施工事实及双方关系。
   • 申请法院调取证据：若合同原件确实无法获取，您可在起诉时向法院申请调取证据。法院有权要求甲方提供合同原件，若甲方拒不提供，法院可能根据其他证据认定案件事实。

3. 起诉流程与注意事项

   • 撰写起诉状：明确诉讼请求（如要求支付工程款、违约金等）、事实与理由（详细陈述施工事实及甲方违约情况），并附上相关证据清单。
   • 选择管辖法院：根据合同约定或法律规定，选择有管辖权的法院提起诉讼。若合同未约定管辖法院，一般由被告住所地或合同履行地法院管辖。
   • 提交证据：在起诉时或法院指定的期限内，提交所有收集到的证据。确保证据的真实性、合法性及关联性。
   • 参与庭审：在庭审过程中，积极陈述事实、举证质证，并回答法院及对方当事人的提问。

4. 风险提示与建议

   • 证据充分性：确保收集的证据足以证明施工事实及双方权利义务关系。若证据不足，可能面临败诉风险。
   • 诉讼时效：注意诉讼时效问题。一般民事诉讼的时效为三年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。逾期起诉可能丧失胜诉权。
   • 专业协助：若对起诉流程或证据收集有疑问，建议咨询专业律师。律师能为您提供更具体的法律建议及诉讼策略。

总结：实际施工已完成但合同在甲方手中，并非起诉的绝对障碍。您可通过收集其他证据来证明施工事实及双方权利义务关系，并依法向法院提起诉讼。在起诉过程中，注意证据的充分性、诉讼时效及专业协助等问题，以提高胜诉几率。如有进一步疑问或需要具体法律建议，请直接向我咨询。