实发工资和申报工资不一致是否违法需分情况讨论，具体处理方式也因情况而异：

1. 若因计算错误或操作失误导致不一致，一般不直接构成违法，但需及时纠正
   实践中，企业可能因财务疏忽、系统故障或对政策理解偏差，导致实发工资与申报工资存在差异。这种情况下，企业本身无主观违法故意，但需承担补发差额、调整申报记录等责任。若未及时纠正，可能引发员工投诉或劳动监察部门介入，企业需配合整改并可能面临警告。

2. 若企业故意少报工资以减少社保、公积金或个税缴纳，则属于违法行为
   根据《社会保险法》《住房公积金管理条例》及《个人所得税法》，企业需按员工实际工资申报并缴纳社保、公积金及个税。若通过虚报工资降低缴费基数，可能面临以下后果：

   • 社保/公积金部门处罚：责令补缴差额、加收滞纳金，甚至处以罚款（如《社会保险法》第八十六条规定，逾期不缴可按欠缴数额1-3倍罚款）；
     
   • 税务部门追责：若涉及个税虚报，可能被要求补缴税款、加收滞纳金，并处以罚款（如《税收征收管理法》第六十三条）；
     
   • 员工维权风险：员工可依据《劳动合同法》第三十八条，以“未足额支付劳动报酬”为由解除合同并主张经济补偿，同时要求企业补发工资差额。

3. 若企业多报工资但未实际发放，可能涉及虚假申报或财务违规
   例如，企业为获取贷款、投标资格等目的虚增工资支出，虽不直接损害员工权益，但可能违反《会计法》《企业财务通则》等规定，面临税务稽查、行政处罚或刑事责任（如构成逃税罪或提供虚假财会报告罪）。

处理建议：

• 对员工而言：

  1. 保留工资条、银行流水、申报记录等证据；
     
  2. 先与企业协商要求补发差额或调整申报；
     
  3. 若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（12333）或申请劳动仲裁，主张工资差额及经济补偿；
     
  4. 若涉及社保/公积金少缴，可向社保局、公积金中心举报，要求企业补缴。
     

• 对企业而言：

  1. 立即自查工资核算及申报流程，纠正错误；
     
  2. 主动与员工沟通，补发差额并调整申报记录；
     
  3. 若存在故意少报，需配合相关部门调查，积极补缴并整改，避免处罚升级；
     
  4. 完善内部财务制度，避免类似问题再次发生。
     

若您遇到具体纠纷或需进一步分析，可直接向我说明情况，我会结合细节为您提供针对性建议。