年休假与停工留薪期原则上互不冲突，但具体处理需分情况讨论，以下是详细分析：

1. 法律性质不同，原则上不互相抵扣

• 年休假：是劳动者依法享有的带薪休息权利（《职工带薪年休假条例》第2条），属于法定福利。
• 停工留薪期：是工伤职工因治疗或康复需要暂停工作、保留劳动关系并享受原工资福利的期间（《工伤保险条例》第33条），属于工伤待遇。
• 结论：二者性质不同，停工留薪期不自动抵扣年休假，劳动者仍可主张当年年休假。

2. 特殊情形：用人单位可协商安排年休假

• 法律依据：根据《企业职工带薪年休假实施办法》第6条，若工伤职工停工留薪期包含在法定休假日、休息日或因个人原因需休息的期间内，用人单位可与职工协商，将停工留薪期部分或全部视为年休假。
• 操作要点：
  • 需双方协商一致，用人单位不得单方面决定；
  • 协商内容需明确停工留薪期中具体抵扣的年休假天数；
  • 抵扣后，劳动者当年剩余年休假天数需重新计算。

3. 实务建议

• 对劳动者：
  1. 保留工伤认定书、停工留薪期确认文件等证据；
  2. 若用人单位未经协商直接抵扣年休假，可要求补足年休假或主张未休年休假工资（日工资的300%）；
  3. 优先通过协商解决，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 对用人单位：
  1. 停工留薪期安排需以医疗证明为准，不得随意延长；
  2. 若需抵扣年休假，应与劳动者签订书面协议，明确抵扣天数及剩余年休假情况；
  3. 避免单方面操作，否则可能面临支付未休年休假工资的风险。

总结：年休假与停工留薪期原则上不冲突，但用人单位可在协商一致后抵扣部分年休假。若遇争议，建议根据具体证据和协商情况主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询。