结论：绩效工资发放周期的变更是否合法，需结合劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。若变更未经合法程序或损害劳动者权益，则可能不合法。
详细分析：
劳动合同约定优先：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了绩效工资的发放周期（如按季度发放），则用人单位应严格按照合同约定执行。
- 若用人单位未经劳动者同意，单方面将绩效工资的发放周期从按季度变更为按年发放，这可能构成对劳动合同的变更，需要双方协商一致并签订书面变更协议。否则，用人单位的行为可能违反劳动合同的约定，劳动者有权要求用人单位按照原约定履行。
公司规章制度需合法：
- 如果公司规章制度中规定了绩效工资的发放周期，并且该规章制度已经过民主程序制定、公示或告知劳动者，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该规章制度对劳动者具有约束力。
- 然而，即使公司规章制度中有相关规定，如果变更发放周期未经劳动者同意，且变更后的规定对劳动者不利（如延长了发放周期），那么这种变更也可能因违反公平、合理原则而被认定为无效。
考虑劳动者权益保护：
- 绩效工资是劳动者劳动报酬的一部分，其发放周期的变更直接影响到劳动者的经济利益。因此，在变更绩效工资发放周期时，用人单位应充分考虑劳动者的权益保护。
- 如果变更导致劳动者经济利益受损（如因发放周期延长而面临资金周转困难），且用人单位未能提供合理补偿或解决方案，那么这种变更可能被视为不合法。
建议：
- 对于劳动者：如果发现用人单位未经同意变更了绩效工资的发放周期，且认为这种变更损害了自己的权益，可以首先与用人单位进行协商，要求恢复原发放周期或提供合理补偿。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：在变更绩效工资发放周期前，应充分与劳动者沟通，解释变更的原因和目的，并征求劳动者的意见。如果变更确实必要且对劳动者有利（如为了更准确地评估绩效而延长发放周期，但同时提供预支或补偿方案），应确保变更过程合法合规，避免引发劳动纠纷。
总结：绩效工资发放周期的变更是否合法，取决于多种因素的综合考量。在处理此类问题时，建议双方保持沟通、协商解决，并遵循相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。