结论：签电子版离职协议书公司没盖公章，其有效性需分情况讨论，不一定无效。
分析如下：
电子签名与公章的效力：
- 根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。这意味着，如果离职协议书上的电子签名是合法、有效的，那么即使没有传统的公章，该协议书也可能具有法律效力。
- 电子签名的有效性取决于其是否满足法律规定的条件，如能够识别签名人身份、表明签名人认可文件内容等。如果电子签名符合这些条件，那么它就可以替代公章，使协议书生效。
公司内部规定与习惯做法：
- 有些公司可能内部有规定，要求所有离职协议书必须加盖公章才能生效。这种情况下，即使电子签名有效，如果公司坚持要求公章，那么未加盖公章的离职协议书可能在公司内部不被认可。
- 然而，这种内部规定不能对抗法律规定。如果电子签名本身是有效的，且没有违反法律强制性规定，那么公司不能仅凭内部规定来否定协议书的法律效力。
双方的实际履行情况：
- 如果双方已经按照离职协议书的内容实际履行了各自的义务，如公司支付了离职补偿金、员工办理了离职手续等，那么这也可以视为对协议书效力的认可。
- 在这种情况下，即使离职协议书上没有加盖公章，法院也可能根据双方的实际履行情况来认定协议书的法律效力。
建议：
- 对于员工：在签署电子版离职协议书时，应确保电子签名的合法性和有效性。如果可能的话，可以要求公司加盖公章或提供其他形式的确认，以增加协议书的法律效力。如果公司拒绝加盖公章，员工可以咨询专业律师，了解自己的权益和可能的法律风险。
- 对于公司：在制定离职协议书时，应明确电子签名的使用规则和效力。如果公司坚持要求加盖公章，应在协议书中明确说明，并确保员工知晓这一要求。同时，公司也应遵守相关法律法规，不得仅凭内部规定来否定合法有效的电子签名。
可能后果：
- 如果离职协议书因未加盖公章而被公司否认效力，而电子签名又存在争议或不符合法律规定，那么员工可能面临无法获得离职补偿金、无法顺利办理离职手续等风险。
- 反之，如果电子签名有效且双方已实际履行协议书内容，那么即使未加盖公章，协议书也可能被法院认定为有效，从而保护员工的合法权益。
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