结论：标明原价和特价，但开发票按原价收费是否合法，需分情况讨论，关键在于是否存在价格欺诈或违反税收法规的情形。以下从不同角度展开分析：
1. 从消费者权益保护角度
- 若商家存在“虚假标价”或“价格欺诈”行为（如虚构原价、虚构折扣幅度），则按原价开发票属于违法行为。根据《消费者权益保护法》第二十条，经营者不得通过虚假或引人误解的价格手段诱骗消费者交易。例如，商家标明“原价1000元，特价500元”，但实际从未以1000元销售过，此时按原价开发票可能构成欺诈，消费者有权要求按实际支付金额开具发票，并可向市场监管部门投诉。
- 若商家明确告知消费者特价商品不提供发票，或要求按原价补税，则属于违法行为。根据《消费者权益保护法》第二十二条，经营者必须向消费者出具发票等购货凭证，不得以任何理由拒绝。
2. 从税收法规角度
- 发票金额必须与实际交易金额一致。根据《发票管理办法》第十九条，销售商品或提供服务时，开具发票的金额应与实际收取的价款一致。若商家按原价开具发票，但实际收取的是特价金额，则属于“未按规定开具发票”的行为，可能面临税务机关的处罚（如罚款、补缴税款等）。
- 特殊情形：差价处理。若商家因促销活动（如满减、折扣）导致实际收款低于标价，发票金额应按实际收款金额开具。若商家要求消费者补足差价才能开具发票，则涉嫌偷逃税款，消费者可向税务机关举报。
3. 从合同履行角度
- 交易价格以实际支付为准。消费者与商家之间的买卖合同成立后，交易价格应以消费者实际支付的金额为准。商家无权单方面要求按原价开具发票，除非双方在合同中明确约定（如“特价商品需按原价补税”），但此类条款可能因显失公平而被认定为无效。
建议
- 消费者：若遇到商家按原价开发票，可要求商家按实际支付金额重新开具，并保留促销广告、付款记录等证据。若商家拒绝，可向12315（市场监管）或12366（税务）投诉。
- 商家：应严格遵守价格法和税收法规，促销时明确标注实际售价，并按实际收款金额开具发票，避免因违规操作引发法律风险。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律应对方案。