结论：在包薪制下，如果员工超出法定加班时长，用人单位需依法支付加班费，且包薪制不能成为规避支付加班费义务的理由。以下是对此问题的详细分析：
一、包薪制的定义与合法性
包薪制，通常指的是用人单位与劳动者约定一个固定的工资数额，该数额包含了正常工作时间工资和加班工资等所有报酬。然而，包薪制并不意味着用人单位可以无限制地要求员工加班而不支付额外的加班费。根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时，超出部分应视为加班，用人单位需支付加班费。
二、超出法定加班时长的处理
计算加班费：
- 当员工超出法定加班时长时，用人单位应按照法定标准支付加班费。具体来说，工作日加班应支付不低于工资150%的加班费，休息日加班且不能安排补休的应支付不低于工资200%的加班费，法定节假日加班应支付不低于工资300%的加班费。
- 计算公式：加班费 = 加班工资基数 × 加班天数 × 对应倍数（150%、200%或300%）。其中，加班工资基数通常按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定，或者按照集体合同约定的加班工资基数以及工资集体协商确定的标准确定。
包薪制下的特殊考虑：
- 在包薪制下，如果劳动合同或集体合同中明确约定了包薪包含加班费，且该约定不违反法律、法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准），那么该约定可能是有效的。但是，这种约定必须明确、具体，且能够证明用人单位已经按照约定支付了加班费。
- 如果包薪制下的工资水平明显低于当地同行业同岗位工资水平，或者用人单位无法证明已经支付了加班费，那么劳动者有权要求用人单位按照法定标准支付加班费。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果用人单位未依法支付加班费，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付加班费及可能的经济补偿。
- 在极端情况下，如果用人单位的行为构成恶意拖欠工资，还可能面临行政处罚或刑事责任。
建议：
- 对于劳动者：如果发现自己超出法定加班时长且未获得相应加班费，应及时与用人单位沟通并保留相关证据（如加班记录、工资条等），以便在必要时维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应严格遵守劳动法律法规，合理安排员工的工作时间和加班情况，并依法支付加班费。同时，建议在劳动合同或集体合同中明确约定加班费的支付方式和标准，以避免潜在的劳动纠纷。
最后，包薪制并不能成为用人单位规避支付加班费义务的理由。如果员工超出法定加班时长，用人单位需依法支付加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。