结论：一家公司同时违反两个法律，是可以在一个行政处罚案卷中同时进行处罚的，但具体情形需结合相关法律法规及行政机关的执法实践来综合判断。以下从多个角度进行分析：

一、法律原则层面

从法律原则的角度来看，行政机关在行使处罚权时，应当遵循“一事不再罚”原则，但这并不意味着一个违法行为不能同时触犯多个法律条款或不能同时受到多个种类的行政处罚。“一事不再罚”原则主要指的是对同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。然而，当同一个违法行为同时违反多个法律规范，且这些法律规范规定的处罚种类不同时，行政机关是可以依据不同法律规范分别给予处罚的。

二、法律规定层面

1. 《行政处罚法》的相关规定：

   • 该法并未明确禁止一个行政处罚案卷中同时处罚违反多个法律的行为。相反，它规定了行政机关在查处违法行为时，应当全面、客观、公正地调查，收集有关证据，并根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度，依法作出行政处罚决定。
   • 如果一个违法行为同时违反了多个法律规范，且这些法律规范规定的处罚种类不同（如一个规定罚款，另一个规定吊销许可证），则行政机关可以依据不同法律规范分别给予处罚，并在一个行政处罚案卷中体现。

2. 具体法律规范的规定：

   • 不同的法律规范可能针对同一类违法行为规定了不同的处罚措施。例如，环保法可能规定对污染环境的行为处以罚款，而水污染防治法可能规定对同样的行为除了罚款外，还可以责令停产整治。在这种情况下，行政机关可以依据两个法律规范分别给予处罚。

三、行政执法实践层面

在行政执法实践中，行政机关通常会根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度，综合考量后作出行政处罚决定。如果一个违法行为同时违反了多个法律规范，且这些法律规范规定的处罚种类不同，行政机关为了全面打击违法行为，维护社会秩序和公共利益，很可能会在一个行政处罚案卷中同时给予多种处罚。

四、注意事项与建议

1. 行政机关的自由裁量权：

   • 行政机关在行使处罚权时享有一定的自由裁量权。这意味着，即使两个违法行为在法律上可以同时受到处罚，行政机关也可能根据具体情况选择只处罚其中一个或给予较轻的处罚。

2. 程序合法性：

   • 无论行政机关如何决定处罚方式，都必须确保程序合法。这包括告知当事人处罚的事实、理由和依据，听取当事人的陈述和申辩，以及依法举行听证等。

3. 当事人的救济权利：

   • 如果当事人对行政处罚决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。在复议或诉讼过程中，法院将对行政处罚的合法性进行全面审查。

建议：对于公司而言，如果面临同时违反多个法律的情况，应积极配合行政机关的调查，如实陈述事实，提供相关证据，并依法行使自己的陈述、申辩和救济权利。同时，公司也应加强内部管理，遵守法律法规，避免类似情况的发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。