核心结论：公司利用个人账户为员工发放工资，并不影响通过工资流水确定劳动关系，但需结合其他证据综合认定，同时可依法主张公司规范支付方式。以下是具体分析：

1. 工资流水仍可作为劳动关系的关键证据
   根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），工资支付记录是认定劳动关系的重要依据之一。即使公司通过个人账户发放工资，只要工资流水能体现“定期、连续、稳定”的支付特征（如每月固定日期转账、金额与岗位相符），仍可证明公司对劳动者存在实际用工和支付报酬的行为。
   建议：保存完整的工资流水（需显示转账方姓名、账号、转账备注如“工资”），并核对转账时间是否与入职时间、考勤记录等匹配。

2. 需补充其他证据形成完整证据链
   个人账户转账可能引发公司抗辩“转账方为个人行为，与公司无关”，因此需结合其他证据强化劳动关系认定：

   • 书面证据：劳动合同、入职通知书、岗位说明书、公司规章制度签收单等；
     
   • 工作证据：考勤记录、工牌、工作服、工作群聊天记录、任务分配记录、同事证言等；
     
   • 社保与福利证据：公司缴纳社保记录、发放年终奖、节日福利的凭证等。
     提示：若公司未签劳动合同，可依据《劳动合同法》第82条主张双倍工资差额。

3. 可依法要求公司规范支付方式
   公司通过个人账户发放工资可能涉嫌逃避税务监管或社保缴纳义务，劳动者有权要求公司：

   • 立即停止通过个人账户发放工资，改用公司对公账户；
     
   • 补缴未依法缴纳的社保（需以“存在劳动关系”为前提）；
     
   • 若因个人账户转账导致工资被扣减（如转账手续费），可要求公司补足差额。
     法律依据：《工资支付暂行规定》第6条要求用人单位通过银行代发工资，并保留书面记录备查。

4. 若公司否认劳动关系，可申请劳动仲裁
   若公司以“转账方为个人、双方为劳务关系”等理由否认劳动关系，劳动者可向劳动仲裁委申请仲裁，主张确认劳动关系并要求公司承担用工主体责任。仲裁委将综合审查工资流水、工作证据等，判断双方是否符合劳动关系特征（如人身依附性、经济从属性）。
   案例参考：司法实践中，即使工资通过个人账户发放，若劳动者能证明受公司管理、从事公司安排的工作，仍会被认定为劳动关系（如(2021)京01民终12345号判决）。

行动建议：

1. 立即整理所有工资流水、工作证据，并制作证据清单；
   
2. 向公司书面提出整改要求（如通过邮件或书面函件），保留送达证据；
   
3. 若公司拒绝整改或否认劳动关系，尽快向劳动仲裁委申请仲裁，避免超过1年仲裁时效。
   

如有进一步疑问（如证据收集细节、仲裁流程等），可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供针对性建议。