结论：只签订工程承包协议，即使没有支付过工程款，在一般情况下仍可以认定工程承包关系的存在，但具体还需结合协议内容、实际履行情况等因素综合判断。

分析说明：

1. 协议的法律效力：

   • 工程承包协议是双方当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议，只要协议内容合法、双方意思表示真实，且不存在其他无效情形（如欺诈、胁迫等），该协议即具有法律效力。
   • 协议中通常会明确双方的权利和义务，包括工程款的支付方式、时间等。即使工程款尚未支付，也不影响协议本身的法律效力。

2. 工程承包关系的认定：

   • 工程承包关系的认定不仅仅依赖于工程款的支付。协议的存在是认定双方存在工程承包关系的重要依据。
   • 除了协议外，还可以结合其他证据来认定工程承包关系，如工程进度报告、现场照片、施工日志等，这些证据可以证明承包方已经按照协议约定进行了施工。

3. 未支付工程款的影响：

   • 未支付工程款并不直接导致工程承包关系的无效或不存在。它可能构成违约行为，承包方有权依据协议要求发包方支付工程款，并可能要求承担违约责任。
   • 如果发包方长期不支付工程款，承包方还可以考虑通过法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁。

4. 特殊情况下的考量：

   • 如果协议中明确约定了工程款的支付是工程承包关系成立或生效的条件，且该条件未得到满足，那么在这种情况下，未支付工程款可能会影响工程承包关系的认定。但这种情况较为特殊，需要具体协议具体分析。
   • 另外，如果双方在协议签订后，实际上并未按照协议约定进行施工或存在其他根本性违约行为，那么也可能影响工程承包关系的认定。

法律建议：

• 对于承包方而言，如果发包方未支付工程款，应首先与发包方进行沟通协商，了解未支付的原因，并尝试达成解决方案。
• 如果协商无果，承包方可以依据协议中的争议解决条款，通过法律途径维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，承包方应注意保留好相关证据，如协议、工程进度报告、现场照片等，以便在需要时提供证明。

后续行动指引：

• 如果您是承包方，且发包方未支付工程款，建议您先审查协议内容，了解自己的权利和义务。
• 然后，与发包方进行沟通协商，尝试达成支付工程款的协议。
• 如果协商无果，您可以考虑咨询我，通过法律途径解决纠纷。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。