事业单位因职工旷工解除劳动关系的程序，主要依据《事业单位人事管理条例》等相关法律法规进行，具体程序如下：
调查核实旷工事实：
- 事业单位在发现职工旷工后，应首先进行调查核实，确认旷工的事实、天数及原因等。这一步骤是后续处理的基础，必须确保事实清楚、证据确凿。
依据规章制度作出处理决定：
- 事业单位应依据其内部制定的规章制度（这些规章制度应经过民主程序制定，并公示或告知职工），对旷工职工作出相应的处理决定。若规章制度中明确规定了旷工达到一定天数可以解除劳动合同，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则事业单位可以据此作出解除劳动合同的决定。
- 示例：假设某事业单位的规章制度中规定，职工连续旷工超过15天，或者一年内累计旷工超过30天的，单位可以解除劳动合同。若某职工连续旷工16天，则单位有权依据此规定解除与其的劳动合同。
事先将理由通知工会（如存在工会）：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。事业单位作为用人单位，在解除与职工的劳动合同时，也应遵循这一规定。若事业单位未设立工会，则此步骤可省略，但建议通过其他方式（如职工代表大会）听取职工意见。
出具解除劳动合同证明：
- 事业单位在作出解除劳动合同的决定后，应向职工出具解除劳动合同的证明，并在15日内为职工办理档案和社会保险关系转移手续。这是保障职工合法权益的重要步骤，也是事业单位应尽的法定义务。
送达处理决定：
- 解除劳动合同的决定应以书面形式送达职工本人。若职工拒绝签收，事业单位可以通过邮寄、公告等方式送达，并保留好相关证据，以证明已履行送达义务。
在处理过程中，事业单位还需注意以下几点：
- 合法性审查：确保解除劳动合同的决定符合法律法规的强制性规定，以及单位内部规章制度的规定。若违反相关规定，可能面临法律风险。
- 程序正当性：在处理过程中，应确保程序的正当性，如给予职工陈述、申辩的机会等。这有助于维护职工的合法权益，也有助于减少劳动纠纷的发生。
- 证据保留：在处理过程中，应保留好相关证据，如旷工记录、调查笔录、处理决定等。这些证据在后续可能发生的劳动纠纷中具有重要的证明作用。
若事业单位未按照上述程序解除与职工的劳动合同，可能面临以下法律后果：
- 违法解除劳动合同的赔偿责任：若事业单位违法解除劳动合同，职工有权要求单位继续履行劳动合同或者支付赔偿金。赔偿金的标准通常为经济补偿标准的二倍。
- 行政处罚：若事业单位的违法行为情节严重，还可能面临相关行政部门的处罚。
因此，事业单位在因职工旷工解除劳动关系时，应严格遵循相关法律法规和内部规章制度的规定，确保程序的合法性和正当性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。