结论：两家外卖店铺拥有两本证但墙壁打通是否违规，需视具体情况而定，主要取决于打通墙壁的行为是否违反了相关的建筑、消防或规划法规。
分析：
建筑法规角度：
- 根据一般的建筑法规，建筑物的结构改动，特别是承重墙的改动，通常需要获得相关部门的批准。如果打通的是非承重墙，且不影响建筑物的整体结构安全，可能不需要特别批准，但仍需确保符合当地的建筑规范和安全标准。
- 若两家店铺位于同一建筑物内，且打通墙壁是为了内部连通，这可能涉及到建筑物内部结构的改变，需要确认是否获得了物业管理方或业主的同意，以及是否符合建筑物的原始设计规划。
消防法规角度：
- 消防法规对建筑物的安全出口、疏散通道等有严格要求。打通墙壁可能会改变原有的消防布局，影响疏散路径或消防设施的布局，从而违反消防法规。
- 在进行任何结构改动前，应咨询当地消防部门，确保改动不会违反消防安全规定。
规划法规角度：
- 如果两家店铺位于不同的产权单元内，打通墙壁可能涉及到改变建筑物的外部轮廓或内部布局，这可能需要获得城市规划部门的批准。
- 未经批准擅自改动建筑物结构，可能面临罚款、责令恢复原状等法律后果。
建议：
- 咨询相关部门：在决定打通墙壁前，建议先咨询当地的建筑、消防和规划部门，了解具体的法规要求和审批流程。
- 获得必要批准：如果打通墙壁需要获得批准，应按照要求提交申请，并等待审批结果。未经批准擅自改动可能面临法律风险。
- 确保安全合规：即使获得了批准，也应确保改动后的结构安全、消防安全等符合相关法规和标准。
可能的法律后果：
- 如果未经批准擅自打通墙壁，可能面临行政处罚，如罚款、责令恢复原状等。
- 如果改动导致建筑物结构不安全或违反消防安全规定，还可能承担民事责任或刑事责任。
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