结论：酒店未入住扣手续费是否合理，需分情况讨论，主要取决于预订条款约定、消费者权益保护规定及公平性原则。以下是具体分析：

1. 若预订条款明确约定“未入住扣手续费”，且消费者已确认同意

根据《民法典》第496条（格式条款规则），若酒店通过预订平台或合同明确告知“未入住将扣除一定比例手续费（如首晚房费或固定金额）”，且消费者在预订时已点击同意或签字确认，则该条款原则上有效。

• 合理性依据：酒店为保障经营利益，通过手续费弥补因消费者违约导致的房间空置损失，属于商业惯例。
  
• 例外情形：若手续费金额显著高于酒店实际损失（如房间很快被其他客人预订），可能因显失公平被认定为无效条款（《民法典》第151条）。

2. 若预订条款未明确约定手续费，或消费者未被告知

若酒店未在预订时以显著方式提示手续费条款（如未加粗、未单独弹窗确认），或消费者完全不知情，则该条款可能因未履行告知义务而不生效。

• 法律依据：根据《消费者权益保护法》第26条，经营者不得以格式条款加重消费者责任，未尽提示义务的条款无效。
  
• 消费者权利：可要求酒店全额退款，或通过投诉（如12315）主张权益。

3. 特殊情形：因不可抗力或酒店原因取消

• 不可抗力：如消费者因疫情、自然灾害等不可抗力无法入住，且能提供证明（如隔离通知、航班取消记录），酒店应全额退款，扣手续费不合理（《民法典》第180条）。
  
• 酒店过错：若酒店因自身原因（如房间重复预订、设施故障）导致消费者无法入住，不仅无权扣手续费，还需承担违约责任（如赔偿交通费等损失）。

4. 手续费金额的合理性边界

即使条款有效，手续费金额也应合理。例如：

• 若酒店通过及时调整价格或渠道将房间重新售出，实际损失较小，扣取高额手续费（如全额房费）可能被认定为“霸王条款”；
  
• 参考行业惯例，手续费通常为首晚房费或固定金额（如100-300元），超出部分可能受挑战。

建议行动

1. 核对预订条款：查看订单确认邮件、短信或平台页面，确认是否明确约定手续费及金额；
   
2. 与酒店协商：以条款或实际损失为由，要求减免不合理费用；
   
3. 投诉或诉讼：若协商无果，可向当地市场监管部门投诉，或通过法院主张条款无效（小额诉讼程序成本较低）。
   

如有具体合同条款或订单截图，可进一步分析条款效力及维权策略。