结论：工厂因包装装箱不良品装进去而扣工资是否合理，需根据具体情况判断，一般而言，若工厂无合法合理的规章制度依据且未与员工协商一致，直接扣工资可能不合理；若符合相关条件，则可能合理。以下为详细分析：

一、工厂扣工资需有合法合理的规章制度依据

1. 规章制度需合法：工厂要扣工资，首先得有合法有效的规章制度作为依据。这个规章制度不能违反国家法律法规的强制性规定，比如不能违反《劳动法》《劳动合同法》等相关法律中关于工资支付、劳动纪律等方面的规定。例如，如果工厂的规章制度规定“只要出现包装装箱不良品装进去的情况，就扣除当月全部工资”，这样的规定显然是不合法的，因为扣除全部工资超出了合理范围，侵犯了劳动者的基本权益。
2. 规章制度需合理：除了合法，规章制度还得合理。合理性主要体现在与所规范的行为或事项具有关联性、对劳动者权益的影响在合理限度内等方面。对于包装装箱不良品装进去这种情况，工厂可以制定相应的处罚措施，但处罚的力度应当与不良行为的严重程度相适应。比如，如果只是偶尔出现少量不良品装进去，且未给工厂造成重大损失，直接扣除较大比例工资可能就不太合理；而如果是频繁出现大量不良品装进去，给工厂造成了较大经济损失，那么在合理范围内扣除一定工资可能是合理的。
3. 规章制度需经民主程序制定并公示：工厂的规章制度不能是老板或管理层单方面制定的，需要经过民主程序，比如与职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定等。并且，规章制度制定后还需要向劳动者公示或告知，让劳动者知晓其中的内容。如果工厂没有履行这些程序，其依据该规章制度扣工资的行为可能就不合法。

二、工厂扣工资需与员工协商一致（特殊情况除外）

在一般情况下，工厂要扣除员工工资，最好能与员工进行协商，取得员工的同意。如果工厂未经员工同意，单方面决定扣工资，即使有规章制度依据，也可能引发劳动纠纷。不过，在一些特殊情况下，比如员工因故意或重大过失给工厂造成重大损失，工厂可能不需要与员工协商一致就可以扣除一定工资，但扣除的工资数额也有一定限制，一般不能超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。对于包装装箱不良品装进去这种情况，是否属于故意或重大过失以及是否给工厂造成重大损失，需要根据具体情况判断。

三、给您的建议

1. 查看工厂规章制度：您可以先查看工厂的规章制度，看其中是否有关于包装装箱不良品装进去扣工资的规定，以及该规定是否合法合理、是否经过民主程序制定并公示。
2. 与工厂沟通协商：如果对工厂扣工资的行为有异议，您可以与工厂进行沟通协商，表达自己的观点和诉求，要求工厂说明扣工资的具体依据和理由。
3. 寻求法律帮助：如果沟通协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

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