结论前置：公司劳动合同按照最低工资签订，但实际以工资单为准，这种情况的合法性需结合具体情形分析。若符合特定条件可能合法，但若存在规避支付义务等情形则不合法。以下从多个角度为你详细分析：
合法性分析
可能合法的情况
- 岗位性质符合：对于一些技术含量低、劳动强度小、技能要求不高的基础岗位，例如后勤辅助岗位、保洁岗位等。如果当地最低工资标准能够保障劳动者基本生活，并且也符合该岗位的劳动力价值，那么公司按照最低工资标准签订劳动合同，在实际发放工资时以工资单为准，只要工资单上的工资不低于最低工资标准，这种做法可能是合理且合法的。比如，某地区最低工资标准为每月2000元，一位保洁员的工作内容相对简单，市场同类岗位薪酬也接近这个水平，公司按最低工资签合同，实际每月按工资单发2200元，这种情况就可能合法。
- 特殊时期或特殊情况：在企业面临严重经济困难、生产经营停滞等不可抗力因素影响下，企业与劳动者协商一致后，暂时以最低工资标准签订合同，以维持劳动关系。例如，某企业因市场环境突变，订单大幅减少，资金周转困难，与员工协商后，在一段时间内按最低工资标准签订合同，待企业情况好转后再调整工资，这种情况若符合法定程序和条件，也具有合理性。
不合法的常见情形
- 实际工资与工作价值不符：若劳动者从事的是复杂、技术要求高、强度大的工作，为单位创造了远高于最低工资标准的价值，但单位仍以最低工资标准签订合同，这显然是不合理且不合法的。比如，一位软件工程师，具备丰富的编程经验和专业技能，为公司开发了重要的软件系统，为公司带来了可观的经济效益，但公司却按最低工资标准与他签订合同，这就损害了劳动者的合法权益。
- 规避工资支付义务：单位故意以最低工资标准签订合同，然后通过加班不支付或少支付加班工资、以福利或补贴形式发放部分工资等方式规避正常工资支付义务，这属于违法行为。例如，公司按最低工资签合同，却要求员工大量加班，但不按照法律规定支付加班费，而是以一些模糊的福利名义来补偿，这种做法是不被允许的。
法律规定明确：根据相关法律规定，只要用人单位支付的工资不低于当地最低工资标准，即不算违法。但实际工资高于合同约定时，应以实际发放为准，且不得低于最低工资标准。也就是说，合同约定的工资只是一个参考，实际发放的工资才是关键。
法律后果
对劳动者权益的影响
- 经济损失：如果长期按照最低工资标准领取工资，而实际工作价值远高于此，会导致劳动者生活水平下降，无法享受应有的经济回报。比如，一位销售员业绩突出，为公司带来了大量业务，但公司却按最低工资标准发工资，他的收入就无法体现其工作价值，影响生活质量。
- 社会保障权益受损：工资水平直接影响社保和公积金缴纳基数，以最低工资标准作为缴费基数将损害劳动者的社保权益。例如，养老保险的缴纳基数与工资挂钩，工资低则缴纳的养老保险费用也低，退休后领取的养老金也会相应减少。
单位面临的法律风险
- 劳动监察处罚：劳动行政部门有权监督工资支付情况，发现违法行为可责令单位限期支付工资差额，并处以罚款等行政处罚。比如，劳动监察部门在检查中发现某公司存在按最低工资签合同但实际工资不符的情况，会要求公司补发工资差额，并可能对公司处以一定金额的罚款。
- 劳动争议和法律诉讼风险：劳动者认为权益受侵害时，可通过劳动仲裁或法律诉讼维权，单位可能需承担支付工资差额、经济补偿金甚至赔偿金等法律责任。例如，劳动者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付工资差额和经济补偿金，如果仲裁裁决支持劳动者的诉求，公司就需要履行相应的支付义务。
应对措施与单位规范做法
劳动者的应对策略
- 协商解决：首先尝试与单位协商，说明自己的工作价值和实际付出，要求调整工资标准。比如，劳动者可以整理自己的工作业绩、工作量等资料，与单位人力资源部门或领导进行沟通，表达自己希望调整工资的意愿。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：协商不成时，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，提供相关证据支持主张。证据可以包括工资单、工作记录、与单位的沟通记录等。例如，劳动者可以向仲裁委员会提交工资单，证明实际工资与合同约定不符，要求公司支付工资差额。
单位的规范做法
- 合理确定工资标准：根据岗位性质、工作内容、强度、技能要求及市场薪酬水平等因素合理确定工资标准，并在合同中明确约定。比如，公司在招聘软件工程师时，应参考市场上同类岗位的薪酬水平，结合该岗位的工作要求和技能需求，确定合理的工资标准，并在劳动合同中明确写明。
- 定期评估和调整工资：建立健全工资调整机制，定期评估工作表现和市场薪酬水平，适时调整工资以确保合理性和公平性。例如，公司可以每年对员工的工作表现进行评估，根据评估结果和市场薪酬变化情况，对员工的工资进行适当调整。
- 履行法定义务：无论工资标准如何，单位都应依法为员工缴纳社保、提供劳动保护和职业危害防护等。比如，公司应按照规定为员工缴纳养老保险、医疗保险、失业保险等社会保险，为员工提供必要的劳动保护用品，保障员工的身体健康和安全。
综上所述，公司劳动合同按照最低工资签订但实际以工资单为准的合法性需综合考虑多方面因素。如果你遇到这种情况，有任何疑问或需要进一步的帮助，都可以直接向我咨询。