结论：将出差住宿费以补贴形式计入工资并扣缴个税，同时不予发票报销的做法，在特定条件下合法，但需满足严格的法律要求；若不符合条件，则可能违法。 以下是具体分析：

1. 合法情形：符合“误餐补助、差旅费津贴”等免税补贴条件

根据《国家税务总局关于印发〈征收个人所得税若干问题的规定〉的通知》（国税发〔1994〕89号）及后续文件，差旅费津贴、误餐补助等属于不征税收入，前提是：

• 补贴标准合理：需符合当地税务机关规定的差旅费津贴标准（如每日住宿补贴、伙食补贴等），或企业自行制定但合理的标准（需留存备案）；
• 实际发生差旅：员工需实际出差，且补贴与出差行程、时间匹配；
• 不与发票挂钩：补贴以固定金额发放，不要求员工提供住宿发票报销。

若满足上述条件，企业将住宿补贴计入工资但按“差旅费津贴”免征个税，且不要求发票报销，合法。

2. 违法情形：补贴实质为工资薪金或变相福利

若以下情况之一成立，则可能违法：

• 补贴标准过高或无标准：补贴金额明显超过合理差旅费用（如每日住宿补贴1000元，远超当地三星级酒店均价），可能被税务机关认定为“变相发放工资”，需并入工资薪金扣缴个税；
• 未实际出差：员工未出差但领取补贴，属于“虚假报销”，涉嫌偷逃个税；
• 要求发票但未报销：企业要求员工提供住宿发票，却未实际报销而是将补贴计入工资，可能被认定为“以发票形式掩盖工资发放”，涉嫌虚开发票或偷税。

若存在上述情形，企业行为可能违反《个人所得税法》及《税收征收管理法》，面临补缴税款、滞纳金及罚款风险。

3. 实务建议：企业应如何合规操作？

• 明确制度：制定书面差旅费报销制度，明确补贴标准、适用范围及发放方式；
• 留存证据：保留出差申请单、行程单等证明实际出差的资料；
• 区分处理：
  • 若选择补贴形式：确保标准合理，且不与发票挂钩；
  • 若选择报销形式：要求员工提供合法发票，按实际费用报销（无需扣缴个税）。
• 定期自查：避免补贴金额异常或长期无差旅却发放补贴的情况。

总结：企业行为是否合法，关键在于补贴性质是否符合税法规定的“差旅费津贴”条件。若您所在企业存在此类操作，建议结合具体补贴标准、出差记录等资料进一步分析；如有疑问，可直接向我咨询具体合规方案。